A Bükk-hegység közepén, a pénz-pataki halastó közelében, 610 m tszf. magasságban nyíló víznyelőbarlangról 1953-ig gyakorlatilag mit sem tudtak. Egyike volt azoknak a kis víznyelőknek, amelyek a Bükk-fennsíkon fakadó források vizét szorgalmasan nyelik, de hóolvadások, nagy esőzések alkalmával előbb-utóbb a felgyülemlett hatalmas tömegű vizet is képesek elvezetni. 1953-1954-ben újságcikkek adták hírül, hogy Pénz-patakon "fiatal barlangkutatók felfedezték Európa legnagyobb föld alatti vízesését". 1953 júniusának utolsó vasárnapján Jakucs László munkatársai segítségével kibontotta a víznyelőt, és sikerült a szakadékdolina omladékai, zuhogó vízfolyásai ellenére beljebb hatolniuk. Nemsokára egy rendkívül szűk repedés, a Háromszög állta útjukat. Július 6-án érkezett meg a sebtében összetoborzott kutatógárda, amelynek két sürgős feladata volt. Először is, 1,25 kg fluoreszceinnel megfestették a víznyelőbe bezúduló vizet, s kerékpáros ügyelettel várták a zöld víz megjelenését a latorúti és kácsi karsztforrásokban. Másik feladatuk a patak elgátolása volt, amelyet tíznapi kemény munkával sikerült annyira lezárni, hogy kb. 48 óráig képes volt a vizet távol tartani a nyelőtől. Megkezdték a Háromszög szűkületének átvésését, ami nem volt könnyű munka, mert csak oldalt fekve, állandóan hideg vízben lehetett dolgozni. Végül július 14-én Holly Sándor vállalkozott arra, hogy egy rövid nyelű ötkilós kalapáccsal megpróbálja áttörni a nyílást. Alig egy óra elteltével örömmel és izgatottan újságolta, hogy megvan a barlang! Kitágítva a Háromszöget, sikerült bemásznia az omladékok között, s elérte a barlang szálkőzetét. Itt a patak mély kürtőbe zuhogott, ahová kötél hiányában ő már nem tudott bemenni. Az első komoly kutatótúrára július 18-án került sor, amikorra össze tudták szedni a szokatlan mélységű kutatáshoz szükséges felszerelést. A túra résztvevői Jakucs László, Kincses Júlia, Holly Sándor és testvére Ferenc, valamint Weress Kálmán voltak, akik 12 m hosszú hágcsót és 60 m kötelet vittek magukkal. Kötélhágcsó segítségével ereszkedtek le a széles, zsombolyszerű, 12 m mély kürtőbe, ahonnan szűk, zegzugos, állandóan lefelé tartó járat indult. Közben két-három méteres vízesések szakították meg útjukat, amelyek alján kis tavacskák kerültek elő. Nemsokára újabb nyolc méteres kürtőhöz értek, ennek továbbvezető járatát víz zárta el. Több órai munkával lecsapolták a szifont, s átjutottak ezen az akadályon is. Még egy szűk hasadék leküzdése után a felfedező csapat egy terembe ért, amelyből hatalmas, feneketlennek tűnő szakadék vezetett a mélybe. Holly Ferenc, a kutatócsoport tagja így írta le a 64 m-es szakadék első bejárását: "Hozzákezdtünk a leereszkedéshez. Biztosítókötelet nem használhattunk, mert ehhez nem volt elég kötelünk. Elsőnek Holly Sándor indult lefelé. Addig ereszkedett, míg egy olyan kis üreget talált a falban, ahová beállhatott. Ott várta be a többieket. Hat-hét méteres közökben másztunk le, és vártuk be egymást. Így egymást segítve és váltogatva haladtunk hárman óvatosan lefelé. A tizedik méternél a hasadék szélesedni kezdett...Mikor leértünk a 35 m-es kötél végére, nyoma sem volt még a szakadék aljának, sőt még a hatalmas hasadék alakja sem változott: továbbra is ugyanolyan meredeken tartott lefelé a mélybe. A józan ész és fentmaradt társaink kiáltásai egyaránt azt tanácsolták, hogy forduljunk vissza. Azonban a kutatás lázában felkiáltottunk nekik, hogy eresszék le a másik kötelet is. Gyűrűbe hurkolva csúsztatták le hozzánk. A két kötél összecsomózása után folytattuk a lemászást. A második kötél vékonyabb volt mint az első, ezért jóval nehezebben ment rajta az ereszkedés. Már-már a második kötél végére értünk, mikor végre megpillantottuk a szakadék alját. A hátralévő öt-hat métert sziklamászással győztük le, és nemsokára ott álltunk a szakadék biztonságot nyújtó, sziklatörmelékkel fedett alján. Ennek a hatalmas szakadéknak a mélysége 64 m! Innen még kb. 50 m-t haladhattunk egy alagútszerű, helyenként erősen összeszűkülő járaton. (Az egyik rendkívül szűk helyet "Nyúzdának" neveztük el.) A továbbhaladást mély víz akadályozta. A barlang mennyezete is víz alá hajolt. Vissza kellett tehát fordulnunk. Ezen a ponton egész nyáron nem sikerült továbbjutni, így az augusztus hónap a mellékjáratok kutatásával telt el."
A barlang teljes kiterjedésének felfedezése lényegében befejeződött, mert a későbbi rendszeres kutatóknak, a Vámőrség és Vörös Meteor Diogenész csoportjának s másoknak sem sikerült túljutni a végponti szifonon.
A Pénz-pataki-víznyelőbarlang feltárását követően számos olyan nyitott kérdés maradt, amelyekre csak évtizedekkel később, illetve még napjainkban sem sikerült megnyugtató választ kapni.
Az első, mindenkit izgató kérdés az volt, hogy hol jelenik meg újra a víznyelőben eltűnő víz, vagyis mekkora barlangrendszer felfedezésére van még kilátás. A Jakucs Lászlóék által végzett első vízfestés a kácsi forrással mutatott kapcsolatot. A légvonalban 11 km-re fekvő forrással való összefüggés azt sugallta, hogy "körülbelül 22 km-es hosszúságú" barlangjárat várható. "Remény van azonban arra, hogy ennek a hosszúságnak kétszeresével is számolhatunk, mert már az eddigi bejárások alapján is kitűnt, hogy egymás fölött két független barlangrendszer húzódik a forrás felé. A felső emelet száraz, az alsó barlangban pedig patak folyik." Más nyomjelzések szerint a vízbe adagolt jelzőanyag 6-23 óra múlva a Garadna-forrásban jelentkezett, vagy az 1975. évi sózás eredményeként az eltűnő víz a Szinva-forrásban lát ismét napvilágot. A másik, nem kevésbé lényeges kérdés, hogy tulajdonképpen milyen mély a "Nagy-fal", amelyet a felfedezők 64 m-esnek mértek. A barlangkutatók között a legszélsőségesebb nézeteket suttogták. Volt, aki szerint egyáltalában nincs is, mások egy keskeny kürtő lejtős falának tekintették. A Vörös Meteor Diogenész csoportjának 1976. évi térképezése szerint, a Nagy-fal teteje és a szifon között 54,5 m szintkülönbség van. A több mint tízméteres különbség, valamint számos egyéb jel - mint pl. a kürtő falára tapadt falevelek - azt mutatták, hogy nem a térképezési adatok pontatlanok, hanem a barlangot lezáró szifon vízszintje változik jelentős mértékben. Ezért a Magyar Karszt- és Barlangkutató Társulat és a VITUKI megbízta a Vörös Meteor Diogenész és Baradla csoportjait, hogy első lépésként szabatos térképezéssel, szintezéssel állapítsák meg a víznyelő bejáratának és a szifon vízszintjének tszf. magasságát. Az 1977-ben elvégzett mérés szerint a víznyelő szájánál létesített fix pont 527,5 m-en, s a mélyponti vízszint szeptember 11-én 399,1 m-en volt. Az első egyértelmű mérést követte annak megállapítása, hogy a szifon vízszintje milyen mértékben emelkedik vagy süllyed. A Diogenész csoport tagjai 1977-ben még csak annyit tudtak megállapítani, hogy "az ingadozás mértéke meglepően jelentős, több méteres nagyságrendű". 1978. júniusában rendszeres méréseket kezdtek, s ennek során minden elképzelést felülmúló ingadozást tapasztaltak. A Nagy-fal tetején helyezték el a viszonyítási "0" pontot. 1978-ban a szifon vize  - 30 m-re emelkedett fel júniusban, s  - 72 m-re ment vissza novemberre. Tehát mintegy 42 m-es vízszintingadozást tapasztaltak! 1979-ben egész éven át rendszeresen folytatták a megfigyeléssorozatot. Legmagasabb vízállást áprilistól júliusig mértek, míg az év többi időszakában váltakozó mértékben, de jóval alacsonyabbra szállt le a szifon szintje. A "0" ponthoz viszonyítva, a legmagasabb vízállást május 13-án tapasztalták (- 66,1 m), míg a legalacsonyabbat (- 73 m) több alkalommal is mértek az ősz folyamán. Megoldódott tehát a Nagy-fal rejtélye! Nem a felfedezőknek s a későbbi túrázóknak volt rossz emlékezőképessége, hanem a szifon vízszintjének összesen mintegy 43 m-es ingadozása adott tápot a találgatásokra.
A fenti tények birtokában természetesen ma már könnyebb ítéletet mondani arról, hogy valójában milyen hosszú és milyen mély is a Pénz-pataki-víznyelőbarlang. Jakucs Lászlóék úgy gondolták, hogy mintegy 80 m-t jártak be és 144 m mélyre ereszkedtek le. A Pénzügyőrség kutatói Szilvássy Andor vezetésével 260 m hosszúnak és 130 m mélységűnek találták. A Diogenész csoport 1976. évi térképezése szerint a főág hossza 238,1 m, mélysége pedig 146 m. Az 1977. évi szabatos felmérés szerint a víznyelőbarlang hossza 221,34 m, mélysége a szeptember 11-i vízállás szerint 127,72 m volt. Mivel az eddigi mérések szerint szeptemberben a szifon vízszintje a legalacsonyabb helyzetű, így ez az érték valósnak fogadható el. 

A Kis-kőháti-zsomboly hosszú ideig az ország legmélyebb s egyúttal legmagasabban nyíló aknarendszere volt, amelyet a kutatók mindig illő tisztelettel kerestek fel. Napjainkban 110 m-es mélységével már visszacsúszott a hazai mélységi ranglista 15-17. helyére, s az új ereszkedő- és mászógépek elterjedésével bejárása egyáltalán nem jelent különleges erőfeszítést.
A Bükk-fennsík déli peremén emelkedő Kis-Kőhát oldalában, 920 m tszf. magasságban nyíló 30 * 15 m átmérőjű berogyást s az alján tátongó feneketlen mélységet a környékbeliek régóta ismerték. Első bemászására mégis csak 1929-ben került sor, amikor Kadič Ottokár felkérésére Schönvinszky László leereszkedett a bejárati kürtő 35 m-es mélységébe. Alján hatalmas törmelékkúpot, állatcsontokat, bedobált korhadt fatörzseket, s egy kürtős rövid oldalágat talált. Néhány évvel később Dancza János nagy apparátussal vonult a zsombolyhoz, kibontotta a bejárati akna alját eltorlaszoló törmeléket, s bejutott előbb egy kisebb, majd egy hatalmas méretű terembe. A bejárati részhez falétrákat szerelt fel, az Óriás-teremből induló, függőleges, 50 m mélységű és szabályos keresztmetszetű aknába pedig vaslétrákat erősített. A kürtő alján több ponton próbált lejjebb hatolni, de az állandóan omló és mozgó kövek között kísérlete nem vezetett számottevő eredményre. Később, 1953-ban az elrozsdásodott vaslétrákat Dancza maga szerelte ki. Az 1950-es évek elején Jakucs László s különösen Leél-Őssy Sándor foglalkozott a zsomboly karsztmorfológiai viszonyaival. Az 1970-es évek elején a Vörös Meteor Foton csoportja Tihanyi Péter vezetésével kereste fel több alkalommal is a zsombolyt* közben állatcsontokat találtak, amelyeket eljuttattak Kordos Lászlóhoz. A segítségükkel éveken keresztül végrehajtott nagyszabású leletmentés eredményeként a Kis-kőháti-zsomboly kilenc különböző pontjáról sikerült puhatestű és főleg gerinces faunát gyűjteni, amelyek alapvető fontosságúaknak bizonyultak az elmúlt tízezer év, a holocén gerinces faunafejlődése, rétegtani beosztása és paleoklímája számára. A hetvenes évek végén több kutatócsoport megpróbálta mélyebben is feltárni a zsombolyt, de annak nagyfokú eltömődése, a várhatóan igen nagy munka eddig mindenkit elriasztott.
A barlang felépítése rendkívül egyszerű. A tágas bejárati kürtő lefelé tágulva egy kereszthasadék mentén megkettőződik, az alját kitöltő törmelékkúp pedig, kitöltve a teljes barlangszelvényt, lehúzódik a mélyebben fekvő Óriás-terembe. Ez a valóban hatalmas tér magán viseli a pusztulás minden nyomát. Alját leszakadt kőtömbök teszik nehezen járhatóvá, peremein kisebb, lefelé és fölfelé haladó, rendszerint cseppköves, rövid oldaljáratokba, kürtőkbe lehet jutni. Közepén emelkedik a Kút nevű cseppkőkúp, amelyre szaporán hull a leszivárgó víz. A kutatóexpedíciók nagy része az itt összegyűjtött vízzel látta el magát, miután a közelben forrásvíz nincs. A terem peremén, elaggott cseppkőlefolyások között nyílik a két-három méter átmérőjű, teljesen függőleges, cseppkövekkel bevont 50 m-es akna, amely alján harangszerűen kiszélesedve, kisebb termet alkot. A behullott kőtörmelék között több igen omladékos járatban még kb. 20 m-t lehet óvatosan leereszkedni, s azután megszűnik a barlang.
Mint Leél-Őssy Sándor megállapította, a zsomboly középső-triász mészkőben keletkezett, kialakulásában a karsztos erózió és korrózió egyaránt jelentős szerepet játszott. A barlangi agyagban kvarckavicsokat talált, amelyek feltételezését alátámasztják. Miután a zsomboly nem egy, hanem több egymás mellett futó aknából áll, több ütemű felszakadással magyarázza létrejöttüket. Újabban Jakucs László vetette fel, hogy a pleisztocén eljegesedések idején magas karszthegységeink az alpi típusú karsztosodási övbe tartoztak, ahol a nagy mennyiségű leszivárgó víz hatására a zsombolyok szinte egymás hegyén-hátán keletkeztek. A Kis-kőháti-zsomboly esetén is hasonló hatással kell számolnunk.
A zsomboly gerinces maradványainak vizsgálatából néhány jellemző barlangkitöltés korát rögzíteni lehetett. Ezek szerint a legidősebb képződmény a zsomboly legalján előforduló törmelék, amely a rissz-würm interglaciálisban élt állatok maradványait tartalmazza. A bejárati aknán behullott törmelék, valamint a zsomboly több pontján különböző körülmények között felhalmozott gerinces maradványok mind holocénnak bizonyultak. Ez azért jelentős, mert a barlangban igen nagy tömegű üledék van, s az üreg a Bükk legmagasabb régiójában nyílik. Ha a fokozatosan leszálló karsztvízszinthez igazodó barlangképződési módot fogadjuk el, úgy a zsombolynak a legidősebbek közé kellene tartoznia. Ennek azonban az őslénytani eredmények ellentmondanak, ugyanúgy mint a bükki "kövek" barlangjainak igen eltérő korú barlangkitöltései is. A zsomboly környékén lévő barlangok, mint a Kőháti-barlang, vagy a Nagy-Tölgyes-oromi-víznyelő, a Kis-kőháti-zsombolyhoz hasonlóan, elaggott, erősen feltöltődő és pusztuló állapotban vannak. Nagyon valószínű, hogy e barlangok a pleisztocén folyamán egy vízrendszerhez tartoztak. Ma már azonban csak roncsbarlangok, amelyek között nem valószínű, hogy létezik járható összeköttetés.
Az Óriás-terem nagy részét kitöltő és az első aknaszintről induló törmelékkúp felső rétege a holocénon belül új életrétegtani egység, a Kőháti-szakasz felállítását tette lehetővé. A terem egyik szép, fölfelé tartó cseppköves kürtőjének padkájáról, mészkéreggel bevont medencéből több száz patkósorrú denevér épségben megmaradt csontját gyűjtötte össze Kordos László. Az elvégzett biometriai vizsgálatok szerint, a holocén klímaoptimuma idején élt denevérek eltértek a ma élőktől. Erősebb, nagyobb szárnnyal, rövidebb lábbal, nagyobb koponyával (elsősorban arckoponyával) és felső fogakkal, nyújtottabb alsó állkapoccsal rendelkeztek. Tehát jobb repülők voltak, mint mai társaik, s mivel tájékozódásukban az orrukon keresztül kibocsátott s fülükkel felfogott ultrarövid hullámok irányítják őket, így ezek a szervek is nagyobbak voltak. Ma még nem lehet tudni, hogy ezek a különbségek faji vagy alfaji eltérést mutatnak-e a ma élő alaktól, mert mindeddig egyetlen lelőhelyről sem került elő olyan tömegű kis patkósorrú denevércsont, mint a Kis-kőháti-zsombolyból. Ezért az összehasonlításra még várni kell.
A denevércsontok segítettek az egykori barlangi és felszíni évi középhőmérséklet meghatározásában is. Jelenleg a barlangban 4-6 *C léghőmérséklet mellett a melegigényes patkósorrú denevérek nem élnek, viszont több ezres tömegben telel a hidegtűrő közönséges denevér. Tehát öt-hatezer évvel ezelőtt a barlangi levegőnek melegebbnek kellett lennie, hogy a 10 *C-nál hűvösebb körülmények között tömegesen nem telelő patkósorrú denevérek a zsombolyban megtelepedjenek. Sikerült kiszámítani, hogy a holocén klímaoptimuma idején a barlangban 10-11 *C hőmérséklet volt, ami megfelel a barlang környezete felszíni évi középhőmérsékletének is. 

Az odor-vári Hajnóczy-barlangot olyan alföldi gyerekek fedezték fel, akik azelőtt talán még barlangot sem láttak. A tiszaföldvári Hajnóczy Gimnázium tanulói ugyanis évek óta tábort vertek az Odor-vár tövében, s ismerkedtek a környék növény- és állatvilágával, régészkedtek, forrásokat figyeltek, s ellátogattak a hegy oldalában nyíló, már régóta ismert Odor-vári-cseppkőbarlangba. Az addig 180 m hosszúságban ismert rendszert a diákoknak sikerült 30-35 m-rel növelni. Ez a siker arra ösztönözte a tábor vezetőit, hogy önálló barlangkutató csoportot is létrehozzanak, amely 1971-ben már a Magyar Karszt- és Barlangkutató Társulatnak is tagja lett. Még ez évben a véletlen is közrejátszott a későbbi Hajnóczy-barlang fölfedezésében, mint azt a kutatások vezetője, Varga Csaba az alábbiakban közölte: "Táborozás előtt néhány nappal vezető nélkül maradt a barlangkutató csoport, így a diákok nem dolgozhattak az Odor-vári-cseppkőbarlangban. Ekkor került sor a korábbi terepbejárások során felfedezett egyik "rókalyuk" bontására." Az eltűnő karbidlámpa nyomába indult felfedezőknek a bejárati szűkületet sikerült annyira kibontani, hogy 1971. július 25-én behatolhattak a Niagara cseppkőzuhatagán keresztül a Táncteremig, majd a Csodák-terméig. A nagy mennyiségű kőtörmelék kitermelését már 1973-ban elkezdték, de a bontási hely a következő táborra beomlott. Újra kellett mindent kezdeni, s ekkor jöttek rá, hogy egy, a magasabb szintről jövő omladékon kell magukat átpréselni. Tehát most már sürgősen beácsolták a kiásott járatot. A munka sürgősségét igazolta, hogy a következő nap már nagy mennyiségű kőtörmelék hullt a friss ácsolatra, de a kutatóvágat ép maradt. Amikorra átrágták magukat a törmeléken, tágas teremben nézhettek körül, a cseppkőlefolyáson vágott szűk nyíláson keresztül. Kelet felé meredek cseppköves lejtő vezetett, a Galéria. Legmagasabb pontján medvecsontokat találtak, s miközben a rejtélyes maradványok eredetét keresték, egyik társuk, Ádám András eltűnt egy labirintusban, majd meglepődve vette tudomásul, hogy hirtelen mindenhol átvilágíthatatlan sötétség veszi körül. Felfedezte a barlang legmagasabb pontján fekvő, a felszínhez igen közeli Óriás-termet. Megoldódott tehát a "medvekérdés". A magasabb helyzetű, felszín közeli járatokból mosódott be az állat, amely egykor valószínűleg a felszínnel volt kapcsolatban.
A tiszaföldvári gimnazisták 1974. évi XII. Odorvári Kutató Táborának az utolsó napján sikerült kideríteni az erős huzat okát. Mindeddig ugyanis a Galéria és az Óriás-terem felfedezése ezt a kérdést nem oldotta meg. A Galériával ellenkező irányban, nyugat felé, egy szűkületen keresztül bejutottak a barlang legújabb részébe. Az 1974. évi tábort úgy kellett otthagyniuk, hogy előttük volt az ismeretlen folytatás, de azt idő és felszerelés hiányában nem ismerhették meg. A következő évi tábor alkalmával természetesen már bejárták a nagy aknát, amelynek aljáról hatalmas méretű, 50 m hosszú és 26 m széles, alacsony termet tártak fel. A vizes, cuppogó agyagról, valamint a cseppkövekről folydogáló, majd kis medencében összegyűlő vízről az ódon hangzású Tsitsogónak keresztelték el. Még mindig nem értek a barlang végére. A Tsitsogó és a nagy akna találkozásánál egymásba nyíló, 38 m mély kürtőrendszerbe ereszkedhettek le. Ezáltal a barlangban feltárt legnagyobb szintkülönbség már 98,8 m-t ért el. A későbbiekben bejárták a nehezebben hozzáférhető ágakat, felmérték a barlangot, kitágították a szűkületeket, vaslétrákat szereltek be, s széles körű tudományos adatgyűjtéshez kezdtek. 1977-ben a Lenini Komszomolról elnevezett nagy akna alján nyíló, ún. Munkásmozgalmi kürtősorozatokat bontották, valamint egyre mélyebbre hatoltak a Grand Kanyon aljáról induló, elhagyott patakmederben, a Hufi- (Hufnágel Pisti) kürtőben. 1978-ban a már megkezdett kürtősorozat bontásakor úgy tűnt, hogy sikerült a továbbjutás, mert kilencnapi munka árán megnyílt egy szűk járat, amelyből függőleges repedésbe tudtak leereszkedni. Mint kiderült, ez a repedés abba a járatba vezetett, amelynek végén előzőleg már meghatározták a barlang legmélyebb pontját. Az elkeserítő eredmény ellenére keresték az újabb bontási pontokat - meteorológiai mérésekkel. Miklós Gábor és Városi József már korábban részletes, számítógépes feldolgozású klímaméréseket végeztek, s ezek alapján megállapították, hogy a Galéria környékén nyíló ún. Hír-lik erősen szellőztet a barlang felé. Bár már korábban, 1974-ben is próbálkoztak itt a továbbjutással, de a akkori kísérlet majdnem balul végződött. Legvékonyabb társuk akkor annyira beszorult, hogy csak hosszú ideig tartó munkával sikerült kiszabadítani. Ennek elkerülésére 1979-ben elkezdték faragni, tágítani a szálbanálló sziklát. Háromnapi kemény munkával sikerült járhatóvá tenni a szűkületet, s abba 1979. július 19-én leereszkedhettek. A szűk, meredek és omladékos járat végén kanyargó, vízjárta folyosóra akadtak, amely teremben végződik. Az újonnan feltárt járat hosszúsága 180 m, mélysége a szűkülettől 56 m. Az évek óta kéthetes nyári táborok alkalmával végzett kutatások során a teljesen ismeretlen barlangból 1979 végére az 1135 m hosszú és 117 m mély Hajnóczy-barlangot tárták fel a diákok.
A barlang az Odor-vár csúcsától 140 m-re, 460 m tszf. magasságban, jelentéktelen kis bejárattal nyílik. A bezárókőzet a környéken általánosan elterjedt, sötétszürke színű, szaruköves és szarukő nélküli ladini mészkő. Az idősebb ladini agyagpala és homokkő, amely a felszínen befedi a fiatalabb mészkövet, a barlangban csak mint törmelék fordul elő. A fedettség korábban nagyobb mérvű lehetett, mert a pala törmelékkúpok a barlangban ott helyezkednek el, ahol a felszínen ma már nem találhatók meg.
Annak ellenére, hogy a barlang teljesen zárt volt, számos ősmaradványt sikerült feltárni a barlang üledékéből. Kiderült, hogy a Hajnóczy-barlang igen idős, mert a Galéria végén talált medve a kihalt középső-pleisztocén Ursus deningeri fajhoz tartozik. Ugyanitt Kordos Lászlónak sikerült kimutatnia a hasonló korú Mimomys savini nevű pocokfajt is, számos más állat kíséretében. Ilyen idős barlangi kitöltést a Bükkből mindössze három helyről, a Tar-kői-kőfülkéből, az Uppony 1. sz. kőfülkéből és Kövesváradról ismertünk. Mindezek az eredmények azt bizonyítják, hogy a Bükk jégkori fejlődéstörténetében nem számolhatunk az egyszerű kiemelkedéssel s a bevágódó patakmedrekhez alkalmazkodó barlangszintek kialakulásával.
A Hajnóczy-barlang morfológiailag alapvetően két párhuzamos részre osztható. Az egyik a bejárattól a Nagy-teremig, a másik a Tsitsogótól az Óriás-teremig tart. A két hatalmas ágat jelenleg a Leila-szűkület köti össze. A bejárat labirintusos szerkezetű, törések mentén alakult ki, és teremrendszerbe vezet. A Nagy-teremhez leggyorsabban a keskeny sziklagerinc, a Háztető érintésével, a Rom-termen és a Depón át juthatunk, de ugyanide érünk, ha a Háztető előtt leereszkedünk a Niagara cseppkőfalán, majd végigkúszunk a Lapos-termen. A bejárat körüli labirintus félreeső járatrendszerei a Füstös-termek, amelyek nevüket a falaikon képződött fekete színű, füstszerű anyagról kapták. A Nagy-terem 48 m hosszú és 14 m széles, magassága 5-8 m.
A Nagy-teremből a Leila-ág szűkületén át jutunk el a barlang másik nagy morfológiai egységéhez, a hatalmas törésvonal mentén feltárt Tsitsogó-Óriás-terem által határolt barlangszakaszhoz. A bejáratot elzáró törmeléklejtő áttörésétől fölfelé haladva kezdődik a cseppkövekben rendkívül gazdag Galéria, amely 70 m hosszú, 1-8 m széles, s magassága 4-13 m. A Galéria cseppkőgazdagságát az okozza, hogy a mennyezetét függőlegesen álló mészkőlapok alkotják, amelyek mentén állandóan csepegett a mésztartalmú víz. A Galéria keleti végéből, beomlott több tonnás sziklatömbök között lehet feljutni a 63 m hosszú, 14 m magas és 16 m széles Óriás-terembe. Mennyezetéről több helyen gyökerek lógnak alá. Jelenleg ez a terem a barlang legszárazabb része, de a múltban nem lehetett így, mert hatalmas, ma száraz cseppkőképződmények díszítik. A barlang további részeihez ismét a Leila-ág torkolatából indulunk el, de most a Galériával ellenkező irányba. Innen a Kriptán, a Golgotán és a barlang legszűkebb átjáróján, a Satun keresztül érjük el a Labirintust, ami feltételezhetően egy egykori, fölötte vezető járat beomlásából keletkezett sziklatömbök halmaza. A Labirintusból kikerülve tárul elénk a meredek falakkal határolt, néhol 13-15 m magas, 42 m hosszú Grand Kanyon. Varga Csaba vizsgálatai szerint ez a barlangszakasz az előzőektől teljesen eltérő arculatú. A meredek oldalfalakon kanellurák találhatók, s cseppkőkéreg szinte sehol sincs. Különböző magasságokban korábbi kitöltésekből származó, breccsásodott kéregmaradványok jelzik a korábbi talpszintet. A Grand Kanyon közepén egy törmeléklejtőn kell fölmennünk, majd elhaladunk a mélybe vivő és elhagyott patakmedret alkotó Hufi-kürtő mellett. Tovább nemsokára elérjük a nagy szakadékot, ahol balra fölfelé a Szojuz-Apolló-ág indul, lefelé pedig a Komszomol-terem aknája tátong. A Komszomol-terem aljára vaslétrán mehetünk le, miközben megcsodálhatjuk a cseppkőfalból a lezúduló víz által kivájt különleges képződményeket, a Lófogakat. A Komszomol alján, északnyugati irányban fekszik a barlang legnagyobb alapterületű terme, a Tsitsogó. Északkeleti végében nyílik a 35 m mély, 77 m hosszú kürtősorozat, melynek felső szakasza két párhuzamos járatból áll. Az egyik csak hágcsóval járható, de a másikban a kipreparálódott szaruköveken biztosítás mellett lemászhatunk. A két járat 19 m után egyesül, majd közel tízméteres hágcsózással juthatunk egy álfenékre. Itt kissé kiszélesedik a kürtő, s egy oldalrepedésen keresztül érjük el a Komszomol-teremből 1978 nyarán feltárt kürtőt, vagyis a barlang 117 m mélyen fekvő végpontját.
A Hajnóczy-barlang klímáját Miklós Gábor és Városi József három éven át, 1975-1977 nyarán vizsgálták. A rendkívül körültekintő és a további járatok feltárása érdekében végzett vizsgálati adatokat számítógép segítségével s az ún. csúsztatásos korrelációszámítás módszerével dolgozták fel. A barlang meteorológiai sajátosságairól Miklós Gábor 1978-ban a Karszt és Barlang című folyóiratban számolt be. A barlangi léghőmérséklet 8,5-10,5 *C között változik, átlagértéke 9,1 *C. A barlang statodinamikus, mert nyáron az egyetlen kijárat teljes keresztmetszetén át áramlik a szabadba a barlangi levegő. A mérések alapján a barlang relatív páratartalmának átlagértéke 98 %. A további járatok feltárási pontjainak kijelölésénél legfontosabb a huzatviszonyok tisztázása lett. A barlangi légáramsebességi értékek 5-25 cm/s között, illetve a kijárati szakaszban 20-40 cm/s között voltak. A légáramlökések elérik az 50 cm/s sebességet is. A sebesség szoros összefüggésben van a felszíni és barlangi hőmérséklet-különbséggel. A felszíni hőmérséklet változását már 30 perccel később követte a barlangi légáramlás sebességének változása. A légáramlásmérésekből kiderült, hogy a barlangba két irányból érkezik jelentősebb mennyiségű levegőutánpótlás. Az egyik a Grand Kanyon térsége, a másik a Galéria környéke. Ez utóbbi ponton valóban sikerült is a barlangjáratot felfedezni.
1978-tól kezdődően a tiszafüredi gimnázium fizikatanára, Németh Gyula a debreceni ATOMKI segítségével radonméréseket végez a barlangban. A módszer azon alapszik, hogy mérik a talajból kipárolgó 222Rn-gáz aktivitását. Az uránium bomlási sorában a radon 3,8 napos felezési ideje elégséges ahhoz, hogy akár 100 m mélységből is feljusson a talajfelszínre. A radon mozgását a kőzetekben és a talajban számos tényező befolyásolja. Ilyen például a közeg anyagi minősége, nedvességtartalma, repedezettsége, a felszíni léghőmérséklet stb. Miután a felszíni radonméréseket sok tényező befolyásolja, ezek kiszűrésére igen alkalmasak a barlangok, különösen a Hajnóczy, mert itt a földtani viszonyokat és a klimatikus változásokat a megelőző vizsgálatok már jól feltárták. A radonméréseket úgy végzik, hogy a vizsgálandó helyekre *-érzékeny, szilárd nyomdetektorokat helyeznek meghatározott időtartamra. A mérés végeztével a detektorokat maratják, s így azon néhány mikrométer átmérőjű nyomok tűnnek elő, az *-részecskék becsapódási helyei. A barlangi talajgáz aktivitásának vizsgálata szerint a maximumot júliusban, a minimumot a téli-tavaszi hónapokban észlelték. A levegő *-aktivitásának értéke mindenhol magasabb volt, mint a talajgázé, de nagyságának kialakításában lényeges szerepet játszott a levegő hőmérséklete és a légmozgások is. A pillanatnyilag kísérletképpen végzett cseppkő *-aktivitás-mérések azzal kecsegtetnek, hogy a jövőben e módszerrel mérni lehet a cseppkövek növekedési ütemét. A radonmérésekkel párhuzamosan vizsgálják a víz és levegő gáztartalmát is. A CO2-tartalom a barlangi vizekben 0,03 és 1,55 %, a levegőben pedig 0,13 és 0,06 % között mozgott. 

A hamarosan Miskolc lakott területéhez tartozó Forrás-völgy minden helybéli által ismert "igazi" barlangja a Kecske-lyuk.
A patak szintje fölött néhány méterrel nyíló, tágas háromszög keresztmetszetű bejárata után az egyre jobban elkeskenyedő folyosót mintegy 400 m hosszan lehet követni, majd víz és járhatatlanul összeszűkült sziklafalak zárják le a továbbjutást. Minden természet iránt érdeklődő miskolci gyerek előbb-utóbb bemerészkedik sötétjébe, s közülük nem egynek az itt szerzett élmények alapozzák meg későbbi barlangkutató pályafutását, mások pedig itt fogadják meg, hogy soha nem teszik be a lábukat a barlangok nyirkos világába.
Az első, aki leírta a Kecske-lyukban szerzett élményeit, 1882-ben Márki Sándor volt. Egy évvel később Szendrei János a diósgyőri barlangokban végzett ásatásainak eredményeiről az Archeológiai Értesítőben írt cikket, amelyben megjegyezte, hogy a barlang egyik belső termében üres dolment talált. Ásatást nem tudott végezni, mert az esős időjárás alkalmával megindult barlangi patak áradása megakasztotta a munkában. A századvég írói ajánlották, hogy a kies völgyet a barlanggal együtt érdemes lenne üdülőhellyé fejleszteni.
A miskolci sok vihart felkavart Bársony-házi kőeszközleleteket követően elindított magyar ősemberkutatás első színhelye 1906-ban éppen a Kecske-lyuk volt. Kadič Ottokár az előcsarnokban 15 m hosszú és 1,2 m széles próbaárkot ásatott, de főleg csak patakhordalékot talált. Régészeti lelet csak nagyon szórványosan került elő: tűzhelyfoszlány, égett agyag és homok, feltört és megpörkölt csontok, prehisztorikus cseréptöredékek, valamint egy csiszolt csonteszköz.
Kadič az ásatást húsz évvel később folytatta, amikor a szomszédos Büdös-pestet kutatta 1926-ban. Letakarították a régi próbagödör törmelékét, majd az előcsarnok nyugati felében 1,5 m mélyre ástak le, mindvégig fekete, szürke és barna színű humuszos kitöltést harántoltak, amelyekből neolit és főleg bronzkori tárgyak kerültek elő. Újból abbahagyták a feltárást, s 1930-ban folytatták, amikor e korábbi gödröt mélyítették tovább. Fenékig leásva megtalálták a sziklaaljzatra települő 2,5 m vastag jégkori rétegeket, de minden kultúrmaradvány nélkül. Viszont az erre közvetlenül települő plasztikus agyagban 3-5 cm vastag kultúrréteg húzódott végig az egész előcsarnokban, tele a neolitikumi bükki kultúrájú cserepekkel. Az ásatásokkal párhuzamosan biológusok is felkeresték a könnyen bejárható barlangot. Bokor Elemér 1926-ban közölt cikkében egy itt felfedezett vak bogarat  írt le, a Gebhardt Antalról elnevezett Duvalites gebhardtit. Bokor Elemér nemcsak az állatvilág tanulmányozásával foglalkozott, hanem felmérte a barlangot teljes kiterjedésében, s ekkor tűnt ki, hogy jóval hosszabb, mint ahogy azt eredetileg gondolták. A biológiai vizsgálatokat 1933-ban Kolosváry Gábor folytatta, aki a barlangi pókok után kutatott, s ott gazdag élővilágot talált. A barlangba befelé haladva, jellegzetes állatfajai alapján négy élettérzónát tudott megkülönböztetni. Ugyanekkor a bejárat közeli guanótelep fölött több denevérfajt is megfigyelt. Érdekes következtetésre jutott éppen a Kecske-lyuk példáján arra, hogy a barlang mint élettér mennyire háziasító, domesztikáló hatású. "Tekintve azt, hogy sok barlanglakó pókfajunk ma is él emberi házakban és épületekben..., ahová az embert a barlangból az idők folyamán kikísérte, nem merészség, ha a barlangnak általános domesztikáló erejét kiemeljük... E tekintetben az emberi lakások és a barlangok közt még a denevérek szempontjából is bizonyos összefüggés áll fenn, még akkor is, ha vannak kifejezetten házak környékén és csak barlangban élő fajok. A barlang mint zárt és tiszta biotóp annak idején az emberre is végzetesen domesztikáló hatással lehetett, legalábbis ez a hatás aktiválta az ősember szunnyadó kulturális képességeit." Ez a ma kicsit megmosolyogni való elképzelés kétségtelenül érdekessége a barlang kutatástörténetének.
Több biológus kutatásainak eredményeként 1940-re a Kecske-lyukból már 45 állat- és növényfajt mutattak ki.
Schönvinszky László, az 1979-ben elhunyt kitűnő barlangkutató 1920 és 1931 között minden évben felkereste a barlangot, ahol meteorológiai méréseket végzett, s hosszát 64 m-rel növelte meg. 1927-ben, a német-magyar barlangkutató találkozó alkalmával, két jeles német szakember, Bock Hermann és Cramer Helmut is felkereste a Kecske-lyukat, s annak morfológiai viszonyairól külön értekezésben számoltak be. 1937-ben Peregi István Dudich Endre tanácsára elhatározta, hogy egy éven keresztül havonként felkeresi a barlangot, s benne komplex meteorológiai és biológiai vizsgálatokat végez. Komoly tudományos megfigyelései voltak, amelyeket sajnos publikáció hiányában ma nem ismerünk.
Peregi István munkájával egyidőben, Kerekes József geológus vizsgálta a Szinva- és Forrás-völgy barlangjainak kialakulását. Megállapította, hogy a Kecske-lyuk az ún. városi terasz szintjében kialakult aktív forrásbarlang. Tagadta, hogy a környéken szerepe lett volna a forró vizek barlangképző hatásának, mint azt Pávai Vajna Ferenc gondolta.
Az egykor leghosszabb bükki barlang ma már megszelídült, az új felfedezésekre áhító barlangkutatók nem itt keresik a hatalmas barlangrendszert, de mégis minden alkalommal tisztelettel állnak meg annak gazdag történetű, mindenkit a kezdetekre emlékeztető bejáratánál. 

Csak a barlangkutatók tudják, hogy a Lillafüred feletti Szeleta-tetőn nemcsak a híres Szeleta-barlang nyílik, hanem több kisebb üreg mellett a napjainkban már komoly mélységben ismert Szeleta-zsomboly is. Közvetlenül a Szeleta-barlang mögött nagyméretű berogyások vannak, amelyek közül a 380 m tszf. magasságban fekvő talpszintből nyílik a zsomboly szűk nyílása. A miskolci "Zsombolyosok" az addig mindössze 14 m mélységig ismert üreget 1952-ben kezdték tovább bontani. A négy méter vastag törmeléktől eltömődött járat kitisztítása után, egy 40-50 cm átmérőjű, 8,7 m hosszú, hasadék jellegű folyosóba jutottak, amely hasonló mélységű aknába torkollott. Mellette egy másik, hasonló akna is képződött. Tehát 1952-ben mindössze 30 m mélységig tárták fel a zsombolyt, mert az esős időjárás megakadályozta a további munkát. 1953. március 8-án Borbély Sándor munkatársaival ismét megkísérelte a továbbjutást a harmadik akna aljáról. Kibontottak egy szűk folyosót, ahol egy sziklafüggöny leverésével sikerült egy újabb nyolcméteres akna aljára érniük. Ezt újabb függőleges járatok követték, előbb egy hat-, majd egy tizenkettő-, végül egy négyméteres. Ennek aljáról már nem tudtak továbbmenni. Később Láner Olivérék az utolsó előtti, 12 m-es aknából ruhaszaggató hasadékon át 92 m mélységbe tudtak leereszkedni. Tovább a hasadék 10-15 cm-re elkeskenyedett, s ezen már nem hatolhattak át.
A Szeleta-zsomboly további járatainak feltárására, a barlang hírhedten szűk járatainak riasztó hatása miatt, sokáig senki sem gondolt, így az lassan a feledésbe merült. Továbbkutatási céllal a Herman Ottó csoport 1976-ban kereste fel, és 40 m-en kezdték el a zsomboly feltárását. 1977-ben már 75 m mélységbe jutottak le, amikor a végpontot a szálkőzet elszűkülése jelentette. Átbontása reménytelennek tűnt, de lelkesítette őket az a tény, hogy a szűkületen túlról vízfolyásra emlékeztető hang hallatszott. Közel egy évig dolgoztak a Sóhajok-folyosójának elnevezett szűkület átvésésén, amikor 1979-ben végül is megnyílt az út az ismeretlen járatok felé. Az aknarendszer valóban állandó vízfolyású patakmederbe csatlakozott, amely két irányba, északkelet és délnyugat felé ágazott el. Az északkeleti rész cseppkövekben gazdag, 50 m hosszú, és végét sóderszifon zárja el. A délnyugati ág 190 m hosszú keskeny folyosó, végén szintén sóderszifonnal. A társukról Pócsik-kürtőnek elnevezett kéményen felmászva, a felső járatrendszerbe lehet jutni, amelynek hossza kb. 120 m.
A zsomboly mélységadatai között jelentős eltéréseket találni, mert az első, 1955. évi 92 m-es mélység becsült adat, s az új feltárásokat ehhez számították hozzá. Az 1979. évi pontos térkép szerint a sóderszifonok 85-87 m mélyen vannak. 1979-ben a patakos ág fluoreszceinnel megfestett vize három óra múlva a Puskaporosi-forrásokban jelentkezett. 

A Bükk-fennsík északi sziklaletörését kísérő "kövek" - mint az Odvas-kő, Buzgó-kő, Látó-kövek vagy az Örvény-kő - lábánál számos kisebb-nagyobb üreg nyílik. Az Örvény-kő alatt kis rét található, a Barátság-kert, közepén az időszakosan vízzel telt patakmederrel, amely esőzések, hóolvadás esetén a lejtős rét vizét vezeti el. Néhány száz méterrel később a patakmeder már csaknem tíz méter mély, meredek falú völgyben folytatja útját, miközben vizét állandó forrás is táplálja. A forrás után a völgy egy 15 m-es sziklafalba ütközik, s vize üregben tűnik el, a Barátság-kerti-visszafolyóban. Sokáig így szerepelt a szokatlan nevű víznyelőbarlang a köztudatban. A barlangkutatók közül először Borbély Sándor bontotta az 1950-es évek elején, s összesen 60 m-t sikerült bejárnia. A bejárati, 40 m-es kuszodát követően egy 20 m-es tágabb oldalágra bukkant, s a barlang végén agyagdugót talált.
Több mint tíz évvel később, 1966 nyarán Szeremley Szabolcs, az akkor még éppen csak középiskolás diák, de már aktív barlangkutató Csathó Pállal kétórás munkával kibontotta az időközben eltömődött kuszodát, s ők is bejárták a régebben már megismert barlangot. Akkor nem tudták, hogy új barlangot találtak, vagy a már régen ismertben járnak. Mindenesetre Szeremley Szabolcsnak az agyagszifonnál feltűnt, hogy a szűk járatban a levegő nem párásodik be, tehát huzat van. A további történetet idézzük a felfedező leírásából: "Így fedeztem fel a fejem felett a szifonkerülő ágat. Itt egy kisebb terembe jutottam, amelynek végén a járat úgy leszűkült, hogy nem fértem át. A reménytelenül szűk barlangról el is feledkeztem." Egy héttel később találkozott Balogh Tamással, akitől megtudta, hogy a barlangot a szifonig már ismerték, de a kerülő járatot még senki. Egyre jobban izgatta a "Visszafolyó" barlangja, de kutatótársait, akik a létrás-tetői munkákkal voltak elfoglalva, nem tudta rábírni az új barlang feltárására. "Végül is titokban egy szombati napon megnéztük a barlangot, hátha ki tudjuk tágítani a szűkületet. Ekkor 1967 szeptemberét írták. Négyen voltunk: Szomorú Zsuzsanna, Balás Anna, Szeremley Géza, Szeremley Szabolcs. Egy jó órát vertük a szűkületet felváltva, mígnem letört a kalapács feje, s átrepült a túloldalra. Átnyúltam érte, s így jöttem rá, hogy nehezen bár, de átférek. Egy patakmederbe jutottam, amely meglehetősen szűk és vizes volt. Mivel nem volt rajtam munkaruha, visszamásztam...Egy jó hónap múlva, 1967. október 30-án sikerült hivatalos úton leszállnom: felmérés ürügyén." Vezetőjük Liptai Edit volt, s összesen négyen indultak útnak. Tovább bontották a szűkületet, amely szifonban, s nem is akármilyenben végződött. Mintegy 50 m hosszan olyan alacsony, hogy a karbidlámpa rendszerint felállítva nem fér el, kanyargós, félig víz tölti ki, s alját éles kődarabok borítják. A szifon után a járat mennyezete lassan emelkedni kezdett, majd egy omlás állta útjukat, amelyen át csak alacsony rés vezetett át. Az út innen már csodálatosan szép volt. Egy óriási, magas, széles járatba jutottak, a mennyezeten vörös cseppkő függöny tárult szemük elé. Pár lépéssel később azonban újabb omladék állta útjukat, közötte több ágra szakadva tűnt el a víz. A törmelék réseiben a felfedezők felmásztak, s egy óriási, bevilágíthatatlan terembe értek. Visszamentek az omladék feletti mellékágba, felmásztak egy agyagfalon, amelyből karvastagságú barlangimedve-csontok lógtak ki. A járatban végig állva mehettek, miközben jókora, álló cseppköveket kerülgettek. Egy nagyobb terembe értek, ahol a talajt csupa kristály borította, a földön lehullott szalmacseppkövek hevertek. A 80 m hosszú mellékág végét omlás zárta el. Visszatérve a patakos ágba, ismét felmásztak a törmelék között a hatalmas teremhez, amelynek magassága 10-20 m, szélessége 30 m körül volt, s hosszát nem is tudták megbecsülni. A következő vasárnap, november 6-7-e kettős ünnep volt az iskolában, így ezalatt felmérték a barlangot. A mellékág végét alkotó omladék után sikerült újabb termet találniuk, amely azonban visszakanyarodott a már ismert terembe. Ekkor a Teenager-termet nem tudták teljesen felmérni, mert az 50 m-es zsinór nem volt elég a terem hosszának megállapítására.
1974-1976-ban több nagyszabású tábort, expedíciót is szervezett Szeremley Szabolcs a Szamentu-barlang feltárására, újratérképezésére és esetleges idegenforgalmi vagy gyógybarlanggá alakítása érdekében. Az újonnan készített térkép szerint a barlang 400 m hosszú és 41 m mély.
Már a feltárást követően meg lehetett állapítani, hogy a barlang emeletes, két határozottan elkülöníthető szintre oszlik: a felső elaggott ágra, amelyet a második mellékág és a Teenager-terem alkot, s az alsó patakos ágra. Ez utóbbi a bejárattól folyamatosan húzódik végig, nagyrészt kuszoda formájában. A Teenager-terem falán kb. hétméteres magasságban hordalékszintet észleltek, tehát nagyobb áradások idején a patak vize idáig duzzadt fel. Sajnos, ez azt is jelenti, hogy a további járatban agyagdugó vagy szivornya várható. Feltételezhető, hogy a Bükk barlangjainak legnagyobb termét és legkeservesebb kuszodáját rejtő Szamentu-barlang csak mellékága egy nagyobb, az északi letörés irányába, a Harica-források felé haladó föld alatti vízrendszernek. 

"S hogy semmi ne hiányozzék, a természet barlangot is helyezett a völgybe, még pedig csepegő barlangot. Az igaz, hogy Aggtelekhez képest semmi, de minthogy ebbe nem fáklyákkal, hanem csak gyertyákkal járnak, az aggtelekinél sokkal tisztább, fényesebb, ez pótolja némileg a nagyszerűségét" - írta 1847. július 8-án Petőfi Sándor úti levelében.
A leírás a lillafüredi Anna- vagy Forrás-mésztufabarlangot említi, amelyet újabban - nem feltétlenül helyeselhető módon - Petőfi-barlangnak is neveznek.
Története szorosan összefügg a magyar vaskohászat őskorával. Fazola Henrik a Garadna völgyében több pontos vashámorokat létesített, így a mai Palota Szálló alatti, édesvízi mészkőből fakadó bővizű forrásra alapítva is. A kincstár később, 1770-ben megvette a kis üzemeket, s korszerűsítette őket. Ekkor épült az a gát a Garadna-patakon, amely ma a Hámori-tavat lezárja. Kadič Ottokárnak Stark Károly nyolcvanöt éves hámori lakos mondta el, hogy a mésztufabarlangokat 1833-ban fedezték fel, amikor a vashámorok hajtására a bővizű forrás nyomában tárót nyitottak. Közben kupolás barlangtermet és több kisebb üreget harántoltak. A felfedezésnek hamar híre ment, kiszélesítették az üregekhez vezető folyosót, fahidakkal és lépcsővel tették hozzáférhetővé a "Csepegő-kő-barlangot". Ez a név annyira közkeletű lett, hogy még 1891-ben is így hívták. Tehát tulajdonképpen ez a név lenne a helyes azok között, amelyekről az irodalomban annyit vitatkoztak. A barlangot a felfedezés utáni kiépítést követően elhanyagolták. Kadič Ottokár 1912-ben, a Szeleta-barlanggal kapcsolatos ásatásai mellett felkereste a feledésbe ment mésztufaüregeket, s a Borsod Miskolci Múzeum anyagi segítségével át is kutatta. Két bányamunkással az altáróban folyó vizet deszkákkal hidalták át, a barlangnak akkor ismert kilenc kisebb-nagyobb üregét felmérte, majd tapasztalatait a Természet című folyóirat XVII. kötetében tette közzé. 1927-ben a Palota Szálló bővítésével kapcsolatos munkák, no meg az István-barlang feltárásának hatására, az Erdőkincstár részéről Révai Ernő főerdőmérnök a barlang feltárását folytatta, az egyes mésztufaüregeket a talajba vágott árkokkal és áttörésekkel összekötötte. Ily módon az eredetileg önálló kis termekből álló barlangot egységes rendszerré alakította. A látványosság érdekében az eredeti bejárattal szemben új tárót hajtatott, és bevezette a villanyvilágítást. Nemsokára Anna-barlang néven bekapcsolták az idegenforgalomba.
A második világháborút követően a rohamos fejlődésnek indult Miskolcnak égetően szüksége volt vízre, amelyet elsősorban a Bükk forrásaiból próbáltak megszerezni. A barlangi patakot először figyelmen kívül hagyták, mert úgy gondolták, hogy a Szinva- és a Garadna-patak elszivárgó vizéből táplálkozik. A Vízgazdálkodási Kutató Intézet 1949-ben elindított vizsgálatai alapján azonban kiderült, hogy önálló forrás, mert a Hámori-tó leengedése után is változatlan hozammal működött. A kérdés végleges eldöntésére és a források helyének megállapítására Kessler Hubert vezetésével 1951-ben először a régi táró 35. m-énél megjelenő I. sz. forrás eredete felé nyitottak tárót, amely 18 m hosszúság után elérte a négy méter mély, dolomitban kialakult forrástölcsért. Foglalása később történt, amikor a külszínről a forrástölcsér alsó része felé hajtott alagutat készítették. A forrás átlagosan napi másfél millió liter vizet szolgáltat Miskolcnak. A második forrás feltárása lényegesen nehezebb feladat volt - írta Kessler Hubert. Újra ki kellett bontani a régebben (1927-ben) betömedékelt tárót, majd különleges vasbeton védőívek alatt haladtak kb. 200 m hosszúságban a föld alatti vízfolyás nyomában mindaddig, amíg elérték a dolomitot, ahonnan a forrás fakad. A foglalt víznyerési hely hasonló mennyiségű vizet ad, mint az I. sz. forrás. Az 1950-es években Jakucs László kutatta társaival, s több nagy termet fedezett fel, amelyeket a fölötte fekvő szálló biztonsága érdekében betonnal betömedékeltek.
A Borsod Megyei Idegenforgalmi Hivatal az elavult villanyvilágítást helyreállította, s mintegy 100 m-es szakaszát megnyitotta a nagyközönség előtt. A barlangba az 1927-ben készített tárón át juthatunk be a Hallba, majd mesterséges folyosón balra haladva elérjük az Északi fény nevű korallszerű mésztufaképződményt. A következő megálló a Szív, amely valóban szív alakú, s cseppkőből áll. E teremben volt a szervezett miskolci barlangkutatás megindítójának, a "Zsombolyosok" vezetőjének, Borbély Sándornak az esküvője is. Közvetlenül mellette a Szomorú-fűz ágait figyelhetjük meg, majd a Cseppköves-termen át visszatérünk a Hallba. A lillafüredi Forrás-mésztufabarlang különlegessége nevében van, miszerint mésztufában, s nem a szokásos kemény, tengeri eredetű mészkőben keletkezett. Létrejötte egyidős a bezárókőzet keletkezési idejével, vagyis a barlang szerves része a patakvízből, forrásból kivált mésztufának. Az ilyen üregeket szingenetikusnak hívják a szakirodalomban. Valóban nem gyakoriak a kiterjedt mésztufabarlangok, de semmiképpen sem a világon egyedülálló a lillafüredi, mint azt a prospektusok hirdetik. Magyarországon is van jóval nagyobb, sokkal kiterjedtebb mésztufabarlang, mint például a budai Vár-barlang vagy a Tettyei-mésztufabarlang. Nem hideg, hanem melegvízből alakult ki a hasonló genetikájú tihanyi Aranyház-gejzírkúp ürege is.
A Bükkben sok olyan víznyomjelzés történt, amelynek során a jelzőanyag az Anna-forrásban jelent meg. Így 1957 augusztusában a Szinva túlfolyóját egy mázsa sóval "festették" meg, amely fél nap múlva jelentkezett. A Létrás-tetői (Szepesi)-barlang tavának sózott vize egyformán kimutatható volt a Szinva-felső, az Anna- és az Eszperantó-forrásban. Ugyanezt a vizsgálatot 1963-ban is elvégezték, hasonló eredménnyel.
A Forrás-mésztufabarlang mikroklímáját 1958-1959-ben Loksa Imre, majd 1960-1961-ben Szabó Gyula vizsgálta. A legnagyobb hőmérsékleti ingadozást a Hallban tapasztalták, de a belsőbb szakaszok már kiegyenlített, a szokásosnál melegebb hőmérsékletűek voltak, átlagosan 10,6 *C. Az abszolút páratartalom 9,0 mm, a relatív 98-100 %-nak adódott. Tehát a mesterségesen összekötött labirintusszerű üregek klímája rendkívül kiegyenlített. A barlangban Boros Ádám két mohafajt, Kolosváry Gábor négy pókfajt mutatott ki. Loksa Imre 1958-1959. évi részletes biológiai gyűjtése eredményeként 24 ízeltlábút tudott elkülöníteni, köztük négy troglobiontot, 18 troglophilt és két trogloxént. A barlang élővilágát a Szinva- és Garadna-patak ökológiai hatása erősen leárnyékolja. 

Kadič Ottokár 1952-ben hatalmas kéziratos munkájában még csak annyit tudott írni e barlangról, hogy: "A Fényes-kői-zsomboly Diósgyőr nagyközség határában, a Fényeskő-völgy déli végében található. Ezt 1931. évben Sebős Károly mászta be, s megállapította, hogy az eddig elért 46 m mélységben ez a zsomboly teljesen összeszűkül. Egyes részeit szép cseppkövek díszítik." Figyelem, nem történt tévedés! A címben szereplő barlangról van szó, amelyet a régebbi irodalomban mint Fényes-kői-zsombolyt tartották számon. E barlang kutatástörténete egyébként is intő példa lehet arra, hogy a lelkesedés sokszor feleslegesség válik akkor, ha az egymást tíz évenként követő kutatók nem ismerik elődeik munkáját. Így történhetett meg, hogy ennek a nem kis kiterjedésű s nem veszélytelen barlangnak számos, egymással kitűnően egyező térképe s tudományos feldolgozása történt meg.
A második világháborút követően, az 1950-es évek legelején Tóth József és Kuchta Gyula kutatták át részlegesen. Megállapították, hogy 290 m tszf. magasságban nyílik, 75 m mély (máskor 90 m), s horizontális kiterjedése több mint 100 m. A jelentéktelen, víznyelőszerűen induló barlangjárat észak-déli és kelet-nyugati irányú hasadékok mentén alakult ki, főágainak méretei a mélység felé növekednek. Annak ellenére, hogy a barlang jelenlegi fekvése és formája a víznyelő jelleget hangsúlyozza, a barlangban számos egyéb keletkezési módra utaló jegyet is találtak. A mélyebb részeken több ponton hévizes működésre utaló gömbüstöket leltek, s a barlangfal repedésein is nagy mennyiségű víz szivárog az üregbe. Kitöltése nagyrészt agyag, de helyenként homokos, palás közbetelepüléseket s kvarckavicsot is tartalmaz.
Tíz évvel később, 1963-ban a Herman Ottó csoport Gyenge Lajos vezetésével nyári tábort szervezett a diósgyőri Vár-hegy lejtőtörmelékében fakadó Szent György-forrás és a hozzá kapcsolódó karsztos járatok kibontására. A Vár-hegyen feltételezett hévizes rendszerbe való bejutást előbb a Vár-tetői-barlangon keresztül kísérelték meg, de ott 90 m-es mélységben olyan kavicsos agyagos kitöltésnek ütköztek, amely az év nagy részében víz alatt volt. Ezért itt a munkát be kellett fejezniük. A feltételezett vízösszefüggést nyomjelzéssel mutatták ki, amikor 1963 márciusában megfestették a Vár-tetői-barlang közelében fekvő Fényes-kői-víznyelő vizét, amely 18,5 óra múlva jelentkezett a Szent  György-forrásban. Így számításaik szerint több kilométeres feltételezett barlangrendszerhez kb. tizenöt kisebb-nagyobb időszakos víznyelő tartozik. Az előzetes vizsgálatok után megpróbáltak behatolni a forrás vízjáratába, de kísérletük nem sikerült.
Az 1963. évi eredménytelen tábort követően a csoportban nem hagyott alább a feltáró kedv, s tovább folytatták a kemény harcot. A szűk, teljesen eltömődött szifonokat 24 órás leszállásokkal ostromolták, sokszor hason és oldalt fekve a hideg iszapban. Az eredmény 1964. január 12-én következett be, amikor, idézve Gyenge Lajos szavait: "egy erősebb robbantás után a törmelékek eltakarításakor erős huzatot kaptunk északi irányból. Ez serkentőleg hatott a kimerült kutatókra, de még két 24 órás leszállás kellett, amíg áttörtük magunkat a szifonok újabb sorozatán, s megnyílt a várva várt tárolórendszer. Felpillantva 10 m magasan láttuk a mennyezetet, s ha mintegy 10 m-rel továbbhaladunk, lábunk alatt ugyancsak kb. 10 m mély harántolásból származó tágas akna nyílt. Ennek aljáról indulnak a folyosók a forrás felé. Az északnyugati irányú főfolyosóból nyugati, majd északi irányba 8-10 m magas folyosók ágaznak ki, majd újra visszatérnek." A munkát itt csak száraz időben, alacsony vízállás mellett folytathatták, mert tavasszal, a nagy esőzések idején víz borítja el a munkahelyet. A vízmentes részeken kellemes, 13,5 *C hőmérsékletet, enyhén párás levegőt tapasztaltak, s néha kellemetlen mocsárszagot is éreztek.
A Vár-tetői-barlang kutatásának eredményeként feltételezték, hogy a karsztvíz és a termálvíz a forrás feltörésének szintjében keveredik, s úgy jut a felszínre. Ezért a forrás felől még 1964-ben elkezdték a vízfogó táró hajtását, amelynek segítségével remélték szétválasztani a hideg és a meleg vizet. A Vár-tetői-barlang harmadik kutatási szakaszának az István-lápai-barlang felfedezése vetett véget, mert 1964 októberében a Herman Ottó Barlangkutató Csoport tagjai a barlangba beépített hágcsókat a vízzel telt szifonokból veszélyes úszással kiszerelték, majd átszállították a kétségtelenül jelentősebb esélyekkel kecsegtető barlanghoz, az István-lápaihoz.
Ismét eltelt tíz év, s a Vár-tetői-barlang negyedik "virágkora" kezdődött akkor, amikor az 1970-es évek elején újjáalakult Herman Ottó csoport Mészáros Károly vezetésével ismét ostromolni kezdte. Újra felmérték a barlangot, s térképük rendkívül jó egyezést mutatott a húsz évvel korábbi, Tóth József által készítettel. Tanulmánytervet dolgoztak ki a diósgyőri források és vízjáratok feltárására. E munkához kapcsolódva 1973-ban Kordos László üledékvizsgálatokat végzett a Vár-tetői- és a közeli Fényes-kői 2. sz. víznyelőbarlangban. Ezek eredményeként megállapította, hogy a Vár-tetői-barlang a Szinva egyik magasan fekvő, jól kialakult teraszán fekszik, s nagyrészt már a würm eljegesedés alatt kialakult járatok is víznyelő jellegűek. A kitöltő üledék a jégkorszak végétől folyamatosan került a barlangba, részben a befolyó víz, részben a tömegmozgásos folyamatok eredményeként. 

A leglátogatottabb hazai barlang nem szerepel Magyarország legnagyobb üregeinek listáján. Az évi 200 ezer vendéget fogadó Miskolctapolcai-tavasbarlang kitűnő példája annak, hogy egy viszonylag kis méretű, különleges sajátossággal rendelkező barlangot a jó földrajzi fekvés és a hozzáértő kiépítés hatására milyen kitűnően lehet hasznosítani. Tapolca nevét a hegy lábánál fakadó melegforrásról kapta, amely a Bükkalja magasodó szikláinak tövéből tágas, már a múlt század végén ismert barlangból tör elő. Sok melegvíz elfolyt a Hejő-patakon, míg a figyelem ismét a különleges barlangra terelődött* melyet 1929-ben fedeztek fel újra a BETE kutatói, akik Kerekes József vezetésével néhány évvel később feltérképezték. Akkor 170 m hosszú volt az egymást keresztező törések mentén kialakult üreghálózat, amelyből hiányoztak a máshol megszokott vízszintes járatok és cseppkövek. A felszínre nyíló kürtők alján a repedésekből langyos vizű források fakadtak, s a kis tavakban feltörő gázbuborékokat lehetett megfigyelni. A tó vizéből felszálló pára bomlasztotta a magasabban fekvő sziklafalakat, amelyek időnként nagy robajjal hullatták törmeléküket a mélyebb részekbe. Kerekes József vizsgálatai alapján tudjuk, hogy a tavasbarlangban észlelt egykori vízszintet jelző színlők jól megfelelnek a Hejő-patak teraszainak. Így azonosítani lehetett a hévizek feltörési idejét és magasságát. A pleisztocén elején oldódhatott ki a tavasbarlang ürege, majd a kürtők a jégkorszak végén nyíltak a felszínre, miközben a völgymélyüléssel együtt a melegvíz szintje egyre lejjebb süllyedt, egészen a mai állapotig. Kerekes úttörő vizsgálatai szerint tehát a Miskolctapolcai-tavasbarlang olyan teraszbarlang, amelyet nem a horizontálisan mozgó hideg karsztvíz, hanem a mélyből felszálló hévizek oldottak ki.
A barlang előtti fürdőt az 1930-as években építették a régi török fürdő helyén. Az épületkomplexumot az 1950-es években (1954-1959 között) hozzákapcsolták a tavasbarlanghoz, így Miskolctapolcán egyszerre három fürdő is üzemelt, vizüket akkor azonban még kellően nem választották el egymástól.
A források védelme érdekében 1969-1970-ben a különböző pontokon feltörő, eltérő jellegű vizeket külön-külön csőrendszerbe vezették, s átépítették a már híres "barlangfürdőt" is. A barlangot és a régi tavi fürdőt mesterséges alagúttal kötötték össze, s így létrehozták azt a látványos csonka kúp alakú vasbeton építményt, amelybe szintén a barlangfürdőn keresztül lehet bejutni. A barlangi részt is átalakították, mert az egyik, egyébként száraz kürtőbe vizet szivattyúznak, amely onnan 12 m-es zuhataggal esik le a "dögönyözést" kívánó látogatókra. Az átépítés után az egyébként jellegzetesen képződménymentes barlangban az ún. Sárkányfejes dögönyözőnél máris vastag, hófehér színű cseppkőbevonat alakult ki.
Mint Kerekes József leírta, az eredeti források a barlangi tavak fenekén törtek fel, de ma, a mesterséges beavatkozás hatására, a 29 *C-os vizet a főforrásokból vezetik oda. A termálvíz kalcium-magnézium-hidrogén-karbonátos, amely kismértékben jódot, brómot, fluort és szabad szénsavat is tartalmaz. Rádiumemanáció-tartalma is jelentős, így bizonyos gyógyhatása is van.
Mint a Miskolctapolcai-tavasbarlangról készült legújabb szakvéleményekben olvashatjuk, a közkedvelt "barlangfürdő" mögött a földtani adottságok ismeretében kiterjedt, jelentős méretű, hévizes eredetű, nagyrészt függőleges barlangokra számíthatunk. Ezek megismerése s a népszerű gyógyüdülőhely további fejlesztése előtt tág lehetőség kínálkozik.

Budapest sok jelzője között ott szerepel a "barlangok városa" is, csakúgy mint a "fürdők" vagy "vásárok" városa. Ez nem túlzás, mert kevés olyan főváros akad még, ahol a föld alatt annyi szép és kiterjedt barlang lenne, mint itt.
Különlegességeit sajátos földtörténeti múltra visszatekintő fejlődésének köszönheti. A Budai-hegység nagyrészt triász mészkőből és dolomitból felépült tömege a Duna vonalánál találkozik az Alföld süllyedékével. A hatalmas szerkezeti vonalak a kiemelkedő hegységi, budai részt is igen alaposan megdolgozták, ahol a repedések utat nyitottak a nagy mélységből felemelkedő meleg vizeknek csakúgy, mint a felszínről leszivárgó karsztvizeknek. Mindezek eredményeként repedések mentén meleg és hideg vizek váltakozó hatására létrejött, labirintus alaprajzú, gazdag ásványkincsű barlangok keletkeztek.
A híres, nagy budai barlangokon kívül még kb. 80 kisebb-nagyobb üreget tartanak számon a katalógusok. Néhányat közülük már az ősember is használt (pl. Remete-Felső-barlang), de a többinek is nagy szerepe volt a főváros történetében (háborúk idején búvóhely a Vár-barlangban, bányászat a Hárs-hegyen, stb.). Ma inkább  idegenforgalmi hasznosításuk, gyógybarlanggá alakításuk és védelmük jelent gondot Budapest lakóinak. 

Budapest közismert, az idegenforgalom számára is megnyitott barlangja a pál-völgyi egykori kőfejtőben nyílik, ahol a századforduló táján sok szép barlang és cseppkőképződmény eshetett áldozatul a fejtésnek. Erről még ma is meggyőződhetünk, ha szétnézünk a bányafalon, s szemügyre vesszük a számos kisebb-nagyobb üreget, felszínre került cseppkövet, kalcitkristályt. Csak néhány lelkes, a természetért rajongó turista kísérte figyelemmel az itt folyó munkát, s összeszedték a letörött kristályokat. Akkoriban még csak a kőfejtő sarkában tátongó úgynevezett Látóhegyi-barlang, a mai Harcsaszájú-barlang volt ismeretes, míg a többi üreg kiterjedését senki sem ismerte.
Egykorú visszaemlékezések alapján először Déry József volt az, aki 1902 áprilisában elsőként járt a kőfejtő üregeiben, s a bennük látott cseppkövek szépségén fellelkesülve, igyekezett a turisták figyelmét felkelteni. Ez sikerült is, és 1904. június 23-án a kőfejtőben kis turistacsapat jelent meg, hogy a rejtélyes üreget kikutassa. Scholtz Pál Kornél, a barlang felfedezője a kutatás történetét így mondta el Kadič Ottokárnak: "Scholtz a kőfejtő déli falában vízszintes szűk repedést vett észre, ezt gyertyával bevilágítva azt látta, hogy beljebb tágabb üreg van. Feszítővassal két márgalapot felszakítva az üregbe mászott, s ebben nagy kőtuskókon lekúszva, mélyebbre vezető folyosóhoz jutott. Kötélen leereszkedve, porhanyós márgaporba süppedve, nagy nehezen a folyosónak azon részéhez ért, amelyet később "Keresztezésnek" neveztek el. Visszatérve és elmondva a bemászás eredményét, az egész csoport bement az újonnan felfedezett üregbe, s tovább kutatva még aznap a mai pál-völgyi nagy barlang Kőhíd- és Színház-terméig, későbbi kirándulásuk alkalmával pedig a látszólag vakon végződő emeleti folyosóig jutottak." A következő kutatások eredménye a régi Labirint és a Kőhídon keresztül feltárt Nagy-körforgalom volt. Megkezdték a barlangi utak kiépítését kisebb ösvények és lépcsők kiképzésével, s 1904 szeptemberében Lorencz Wladimir és Viktor új bejáratot nyitott a Kereszt-folyosóra. Ezzel elérték, hogy kikerülték a nehezen járható Labirintust, a mai Lóczy-terem környékét. A barlang első látogatói között volt Lóczy Lajos is. Ez alkalomból a Színház-teremben tűzijátékot is rendeztek.
A nagy lelkesedéssel megindult feltárást egy év múlva, 1905-ben Jordán Károly vezetésével folytatták. Leküzdötték a nyolc méter mély Incelógót, s felfedezték a mély fekvésű Rádium-termet, majd az Incelógó mellett egy déli irányba húzódó folyosót egészen a Kupoláig. Abban az időben, az itt végződő járat végén, a véletlen vezette a kutatókat a további folyosók feltárására. 1906-ban ugyanis egy omladékkő elmozdulása következtében a keletkezett parányi nyíláson át erős légáramlatot lehetett érezni, ami arra figyelmeztette Scholtzot és társait, hogy a barlang itt tovább folytatódik. Hozzáláttak tehát a bontáshoz, s nehéz munka után a nyílást annyira kibővítették, hogy át tudtak bújni. Rövid idő múlva egy folyosón végighaladva, új terembe, a későbbi Mici-terembe és az Ebédlőbe jutottak. Itt azt látták, hogy a barlang más irányba is folytatódik. s az örömtől ujjongva rohantak a hosszú és keskeny Ötösök-folyosóján végig. 1906-ban történt az első barlangi mentés is a frissen felfedezett Pál-völgyi-barlangból. Amikor még a barlang nyílása nem volt lezárva, két tanuló 30 m-es kötéllel és néhány gyertyával felszerelkezve lebocsátkozott a Rádium-terembe. Ereszkedéskor egyikük a gyertyáját elejtette, majd kérte társát, hogy húzza őt fel. Ez többszöri kísérlet ellenére sem sikerült, ezért kiment segítségért, értesítette a barlang őrét. Az összeállt mentőexpedíció éjfél után húzta felszínre a bajba jutott fiút.
A felfedezés hőskorát követő évek során Scholtz Pál Kornél elkészítette a barlang kiépítésének tervét, sőt azt annyira végre is hajtották, hogy a barlang két legjelentősebb szakaszát a Kőhídig és a Színházig utcai ruhában lehetett végigjárni. A régi bejárat alacsony nyílását kibővítették, kifalazták, ajtóval látták el. A megkezdett munka folytatására később a Magyar Amatőrök Országos Egyesülete vállalkozott, kibérelte a barlanghoz tartozó létesítményeket, s a kezelést is kézbe vette. Az Egyesület 1915-ben beadvánnyal fordult a főváros vezetőségéhez, amelyben a barlang teljes feltárását és rendezését kérte. A kérést melegen pártfogolták, s a beadvány kivizsgálására Lóczy Lajos vezetésével szakbizottság alakult. December 22-én helyszíni szemlén vettek részt, s állást foglaltak a barlang kiépíthetősége mellett. Több év telt el anélkül, hogy a javaslattal érdemben foglalkoztak volna, a kutatás azonban nem szünetelt. 1917-ben Lóczy Lajos javaslatára a főváros tanácsa Budapest területének újabb, részletes földtani felvételét határozta el, benne az ide tartozó barlangokkal. A feladat végrehajtására Kadič Ottokár kapott megbízást. Munkájáról így számolt be: " Ezirányú vizsgálataimat 1917. év tavaszán a főváros legterjedelmesebb üregével, a Pál-völgyi-barlang kutatásával kezdtem meg, és 35 munkanap alatt, 1918. év őszén fejeztem be. Tekintettel a barlang bonyolult szerkezetére, a mérést egyszerű, de jól bevált eszközökkel: kompasszal és mérőléccel végeztem. A mérések adatai alapján 1*100 méretben alaprajzot és szelvényeket készítettem. Közben a Pál-völgyi-barlang körül tevékenykedő kutatók a Pannónia Turista Egyesületbe tömörültek, s ennek keretein belül külön barlangkutató csoportot: a Barlangkutató szakosztályt szervezték meg." A Szakosztály működéséről Scholtz Pál Kornél, a barlang felfedezője s az újonnan alakult kutatócsoport vezetője 1920-ban így számolt be: "A Szakosztály ezekben az években, a fennállott nehéz viszonyok mellett csak szerény keretekben mozoghatott, működése főleg a barlang karbantartása körül forgott. Mindenekelőtt a Bejárati-terem, a Felső- és Alsó-lépcsős folyosó, valamint a Széles-folyosó kőlépcsőit kijavítgatták, s ahol szükséges volt, újból átépítették, egyes helyeken fakorlátokkal látták el." A barlang nagy pártfogója, Lóczy Lajos időközben elhunyt, s emlékére a bejárat közelében termet neveztek el, amelynek falán az alábbi szövegű márványtáblát helyezték el:
 

Az emléktábla ünnepélyes leleplezése a barlang előtti térségben történt, nagyszámú résztvevővel.
A híres barlang ügye akkor kapott nagyobb lendületet, amikor 1926-ban az önálló Magyar Barlangkutató Társulat megalakulásával egyidőben megszervezték a Pálvölgyi Bizottságot Kadič Ottokár elnökletével. A barlanggal most már két testület is törődött, a Pannónia Turista-Egyesület Szakosztálya a barlang turisztikai fejlesztését, a Magyar Barlangkutató Társulat Bizottsága pedig annak tudományos vizsgálatát tűzte ki feladatul. A szervezés olyan eredményes volt, hogy 1927-ben, amikor Magyarországon tartották a magyar és német barlangkutatók kongresszusát (az első nemzetközi barlangkutató kongresszust), szeptember 17-én kigyúlhatott a villanyfény a Pál-völgyi-barlangban. 1929-ben újabb jelentős eseményt ünnepelhettek: a barlang felfedezésének 25 éves évfordulóját. Ez alkalommal Cholnoky Jenő tartott ünnepi beszédet a kormány, a főváros és a barlangkutatók előtt. Az 1930-as évek elején a kezdeti lendület elfogyott, s a látogatók száma is egyre csökkent. 1935-től kezdődően a jelentős propaganda hatására ismét sikerült növelni a barlang látogatottságát, de a befolyt bevétel éppen csak arra volt elég, hogy a legfontosabb karbantartási munkákat elvégezzék. Így például 1936-ban az utcai támfal az esőzések következtében leomlott, s a belépődíjak jelentékeny részét ennek a helyreállítására kellett fordítani. 1937-ben fővárosi segélyből sikerült megoldani a barlang sokáig vajúdó problémáját, a Körfolyosó megépítését. Mindeddig ugyanis a látogatóknak a Színház-teremből a már egyszer megtett úton kellett visszamenniük. Most, a Körforgalom kialakításával, a Magas-folyosón át a Scholtz-próbán és az Incelógóban megépített betonlépcsőkön a Peti-folyosóba jutnak, s ezen végighaladva a kiindulási helyre, a Lóczy-terembe érkeznek. A következő években mindig új és új szakaszokon cserélték ki a tönkrement berendezéseket, s további részeket kapcsoltak be az idegenforgalmi látványosságba. Ekkor a barlang hossza 1030 m volt, legnagyobb mélysége a bejárattól számítva pedig 97 m.
Ez utóbbi adat az újabb mérések szerint helytelen, legfeljebb a fele igaz. A látogatók háromféle túra között választhattak: a Színház-teremig csak beöltözve és előzetes bejelentés alapján, legalább öt fő esetén a Rádium-teremig, illetve azzal együtt. A helyszínen barlangkutató ruhát is lehetett 80 fillérért kölcsönözni. 1941-ben befejezik a villanyvilágítás felújítását, s az ekkori felmérés szerint a barlang hossza 926 m, mélysége a bejárattól számítva kb. 40 m. 1944. július 24-e nevezetes dátum a barlang történetében. A legnehezebb háborús események között a Természetvédelmi Tanács javaslatára a Földművelésügyi Minisztérium természetvédelmi területté nyilvánította. Az 1950-es években ismét megnyitották az új világítással berendezett barlangot, amely a második világháború alatt a környék lakói részére óvóhelyül szolgált. 1973-ban az Országos Természetvédelmi Hivatal vette kezelésbe, és negyedszerre is új világítást kapott. A barlang bemutatását azonban még ma is számos tényező akadályozza. 1975-ben például omlás történt a Bejárati- és a Lóczy-teremben, ennek megjavításáig a nyitvatartás szünetelt. Annak ellenére, hogy az egész pál-völgyi kőfejtő védett terület, szemetet raktak le benne. Nagyon vontatottan haladnak a szép tervek végrehajtásával, amelyek alapján bemutatóhelyet, sziklamászó iskolát és kőparkot kívánnak létesíteni.
A Pál-völgyi-barlangot napjainkban a Szépvölgyi út 162. sz. alatti kiépített bejáraton keresztül tekinthetjük meg. A 205 m tszf. magasságban nyíló ajtón áthaladva a Bejárati-terembe, majd több lépcsőn a Lóczy-terembe jutunk. Körutunkat itt balra folytatjuk, számos lépcsőn lejutva a Keresztezéshez érünk, ahonnan utunk a derékszögben jobbra forduló Széles-folyosóba és a Szikla-terembe vezet. Újból jobbra haladva a barlang legnagyobb terme, a Színház fölé érünk. A páholyból kitűnő rálátásunk van a teremre, s a jobb oldalon az 1907-ben vésett felirat, az "Izzadó" emlékezteti a látogatót a barlang egykor nehezen leküzdhető részeire. A Színház-terem egy észak-északkelet-dél-délnyugati irányú repedés mentén alakult ki, északi végét kelet-nyugati irányú törés zárja. 1904 decemberében az MTE Barlangkutató Bizottsága az első csoportos látogatás alkalmával, amelyen 80 személy vett részt, Plöckl Antal és Tescher Mihály tűzijátékot rendezett. A Színpad alatt, a Nézőtérről továbbvezető lépcsővel szemben a mennyezeten hatalmas repülő denevérre emlékeztető sziklaalakulatot fedezhetünk fel. A Színház-terem aljáról a 46 m-es Hosszú-folyosóba jutunk, amelynek legkeskenyebb és legmélyebb szakasza a Scholtz-próba. Scholtz volt az első, akinek 97 kg-os súlyával először sikerült átjutnia az akkor mindössze 25-30 cm széles nyíláson. Ma létrákon mászhatunk itt a magasba, és a 40 m hosszú Turista-folyosón folytathatjuk utunkat a barlang legnagyobb cseppkőképződményeit rejtő Cseppkő-teremig. Megnézhetjük a Paradicsomot Ádám és Éva cseppkőalakjával, majd a vaskorlátos erkélyről letekinthetünk a Rádium-terembe. Nevét onnan kapta, hogy a felfedezés idején fejtették meg a rádium titkát. Ide 21 m-es ereszkedéssel lehet lejutni, majd a Jordán-termen (első bejárója Jordán Károly) és a Geológus-folyosón keresztül a Lóczy-terembe érünk vissza.
A Pál-völgyi-cseppkőbarlang látogatói, ha alaposan szemügyre veszik a barlang falait, abban ősmaradványok tömegét ismerhetik fel. Két kőzet határán alakult ki a barlang, az alsóbb szintek az eocén nummuliteszes mészkőben, a felsőbbek pedig a briozoás márgában keletkeztek. A barlang térképére rátekintve azonnal szembetűnik a járatok szabályos, egymást keresztező rendszere. Ezek északkelet-délnyugati és erre merőleges irányú hasadékok mentén alakultak ki, amelyeket felül elkovásodott márgás kitöltés zár le. Cholnoky Jenő elképzelése szerint a hajdani hévizek által kialakított, majd málladékkal részben betömött barlangot a felszínről bezúduló csapadékvíz nyitotta meg újra és tágította tovább. Ez lenne az oka annak, hogy a barlangban kevés termális eredetű képződményt látunk, inkább a később keletkezett cseppkövek jellemzik.
Más kutatók nem osztják azt a nézetet, hogy a barlang kialakulásában a víznyelőknek is szerep jutott volna, tisztán melegvizes eredetűnek tartják.
A Pál-völgyi-barlang klímaviszonyait több szórványos méréssorozat kísérelte már feltárni. 1957 nyarán Hégráth László a Lóczy-teremben 8,5-10,0, a belső részeken 6,5-8,2 *C hőmérsékletet mért. A barlang leghidegebb szakasza a Színház és a Hosszú-folyosó. Ugyanekkor a Károly-kút vize 7,9 - 8,3 *C-os.
1955-ben Suba Éva a barlangban algákat gyűjtött, amelyekből 41 fajt határozott meg: 21 Cyanophyta, 13 Chlorophyta és 7 Chrysophyta fajt mutatott ki. A kékalgák közül nyolc faj a melegebb vizeket kedveli, ezek valószínűleg reliktumok abból az időből, amikor a barlangban még melegforrások voltak. A barlang komolyabb algásodása az 1970-es évek elején kezdődött el a nagy teljesítményű reflektorok beállításával.
A barlang látogatottsága az 1904. évi 81-ről fokozatosan emelkedett (1962-ben 13270 főre, 1977-ben pedig 18869-re). Ez a látogatottság rendkívül alacsony ahhoz képest, hogy Budapest területén, kirándulónegyedben van. A hazai kiépített barlangok közül mindössze a balatonfüredi Lóczy-barlangnak kevesebb a látogatója (11386 fő).
Az idő malmának kerekei tovább őrölnek, hiszen amit most papírra vetettünk, máris a múltat jelenti. Több mint fél évszázados felfedezésmentes nyugalom után, 1980 legvégén felröppent a hír: hatalmas új, tágas, képződményekben gazdag részekbe sikerült bejutni. A szenzációs rövid hír után hamarosan a részleteket is megtudhattuk. Az újonnan alakult barlangkutató csoport a Pál-völgyi-barlangot szemelte ki kutatási területéül, s úgy gondolták, hogy ennek a tektonikus repedések mentén kialakult barlangnak kell hogy legyen folytatása. Ismeretlen szakaszok felfedezésére északon a bányaudvart megközelítő járatok, dél-délnyugatra pedig a felszín morfológiája miatt gondoltak. Ez utóbbi irányába a Hód-járat és a Vészkijárat-hasadék látszott legalkalmasabbnak. Előbb a Hód-járat folytatásában egy keskeny hasadékot vettek szemügyre, de a beláthatatlanul sok munka miatt inkább a Vészkijárat átvizsgálásához fogtak. 1980. december 5-én Kiss Attila és Kurucz József dolgozott itt, miközben másnap a felszínen erős és gyors lehűlés történt, aminek hatására a barlangi légáramlás is megerősödött. A végpontot képező kis omladékos terem bejáratánál a légmozgás már olyan erős volt, hogy elhajlította a karbidlámpa lángját. A huzat útját követve fokozatosan sikerült előrehaladniuk, s végül tágas, ismeretlen folyosóba jutottak. Néhány méter után sötéten tátongó mélységhez értek, ahol már nem tudtak továbbmenni, így gyorsan hazasiettek a felszerelésért, segítségért, majd még az éjszaka visszatértek a helyszínre. A letörésen leereszkedve tágas terembe jutottak, a Pentachonba, amelyből négy irányba is tágas folyosók ágaztak el. Előbb a bal oldali folyosót járták be, de az nemsokára rövid keresztjáratba torkollott (Nagy-fal és Huzatos-folyosó). Ezután a Pentachon-teremből nyugat felé tartó folyosóba mentek, s kiterjedt járatrendszerbe jutottak. Hajnalig bolyongtak a Bekey-teremben, a Gyöngy-folyosóban, a Hajós-teremben, a Tollas-teremben és az Ipszilon-folyosóban. A felfedezést mintaszerűen jelentették, elkészítették az új szakasz vázlatrajzát, miközben az események sűrűn követték egymást. A további járatok felfedezése kézenfekvő volt, csak néhány kő arrébb tételével, ismeretlen szűkület leküzdésével kellett megbirkózniuk ahhoz, hogy tovább tudjanak menni az ismeretlenben. A felfedezések első szakasza január 10-én zárult le, s addig 1201 m új járatrendszert fedeztek fel, többet, mint amennyi a barlang addig ismert hossza volt.
Az újabb sikerek nem várattak sokáig magukra, mert néhány héttel később, 1981 februárjában és márciusában felfedezték a Térképész-ágat. Minden barlangkutató előtt ott lebegett a nagy lehetőség, a Pál-völgyi- és a Mátyás-hegyi-barlang összekapcsolásának lehetősége. Így a térképet készítő Kárpát József felvetette, hogy a barlang Labirintus-omladékában északkeleti irányú szűk járatot észleltek. Hárman még aznap éjjel (február 18.) leszálltak a helyszínre, s a szűk repedést néhány perc alatt kitágították. Mögötte nagyobb, omladékos, ismeretlen terem következett. 150 m-t jutottak előre. Márciusra a Pál-völgyi-barlang összhosszúsága már meghaladta a 3000 m-t.
1981 áprilisában tábort létesítettek a nemrég felfedezett Tollas-teremben. A kilenc föld alatt eltöltött napon az előzőektől eltérő barlangot ismertek meg. A labirintusjelleg megszűnt, a főfolyosók között keresztjáratot nem találni. A Szeptáriás-folyosó például 80 m hosszúságban húzódik, miközben egyetlen kereszthasadék  sem szakítja meg. A széles, helyenként teremmé táguló folyosók erősen feltöltöttek, agyagosak. A dombokba rakódott agyag felszínét száradási repedések, az ún. szeptáriák borítják. Máshol a Gipszes-folyosóban a falfelületeket a névadó ásvány kristályai borítják.
1981-ben ugyan történtek még kisebb felfedezések, de a Bekey Imre Gáborról elnevezett barlangkutató csoport tagjai minden erejüket a dokumentálásra, az eddigi eredmények meggyőző felmérésére fordították.
1982 áprilisában ismét kutató tábort létesítettek a barlangban, amelynek eredményeként sikerült bejutniuk az Ötösök-folyosója és a Decemberi-szakasz között elterülő ismeretlen részbe. Felmért hossza 474 m volt, s így a Pál-völgyi-barlang hosszúsága már meghaladta a 3700 m-t.
A gyors feltárást példaszerű tudományos feldolgozás és adatgyűjtés követte. Karip Gyula lehetetlent nem ismerve összegyűjtötte a barlangra vonatkozó dokumentumokat, miközben az MKBT térképtárában felfedezte a barlang legelső térképét is. Takácsné Bolner Katalin az újonnan feltárt barlangok földtani és morfológiai leírását közölte már 1981-ben. Megállapította, hogy az új szakaszok, a korábban ismertekhez hasonlóan, felső-eocén mészkőben képződtek, s a  -80 m-es végponton sem érték még el a feküt képező triász kőzeteket. A legfontosabb három, jellegében is eltérő új szakasz közül az omladékos keleti és a kopár Térképész-ág már 20-25 m-re közelíti meg a Mátyás-hegyi-barlang Meteor-ágát. A régi részre emlékeztető, labirintusszerű decemberi szakasz agyagos aljzatán különleges cseppkőcsészék és hidegvizes eredetű kalcitrózsákkal bélelt medencék alakultak ki. A barlang végpontján 3 m2-es tó található, amelynek környékén nagy tömegben telelnek a denevérek.
A Pál-völgyi-barlang még nem fedte fel teljes terjedelmét. Bármilyen közelinek, szinte karnyújtásnyinak tűnjön is a Mátyás-hegyi-barlang, s annak összekapcsolásával az elmúlt ötven év magyar barlangkutatásának legnagyobb sikere, a Pál-völgyi-barlang teljes feltárásának bekövetkezésére még várni kell. A barlang akkor barlang, ha természetes. Amennyiben csak bányászati módszerekkel sikerülne átjutni, nem tennénk egyebet, mint aluljárót építenénk a Szépvölgyi út alatt. Ez nem lenne barlangkutató munka, és senki sem fogadná el, hogy a Mátyás-Pál-barlangrendszer valóban létezik! 

Budapest és az egész Dunántúl leghosszabb, kb. 4200 m-es barlangja a III. kerületben nyílik. A Szépvölgyi úttól keletre, a Pál-völgyi-barlanggal szembeni Mátyás-hegy oldalában nyitott kőfejtőből indul, 203 m tszf. magasságban.
A barlanglabirintus története nem tekint vissza a hosszú múltra. Szabó József 1879-ben, Budapest geológiáját tárgyaló munkájában, a barlangokról szóló fejezetben még csak annyit jegyzett meg, hogy "a sok tekintetben felette érdekes Pálvölgy s Szépvölgy Nummulit-mész bányái Buda-Újlak s Lipótmező között".
A bányászás során a későbbiekben kisebb-nagyobb üregeket is találtak. Közülük legjelentősebb az 1930-as évektől ismert 60 m hosszú, egy előcsarnokból és két folyosóból álló Felső-barlang, valamint a 240 m hosszú és 26 m mély Tűzoltó-barlang. 1944-ben a már ismert barlangok átalakításával légoltalmi óvóhelyeket kezdtek robbantani, amelyek leghosszabbika a régi Tűzoltó-barlang bejáratának kitágításával keletkezett, s a mesterséges tárnák hossza 370 m volt. Ekkor fedezték fel a negyedik üregrendszert, a Futura-óvóhely-barlangot is, amely 80 m hosszú barlangszakaszt tartalmazott, s a Tűzoltó-ág bejáratával szemközt nyílott. Az óvóhely építésekor az építtető cég Jaskó Sándor geológussal megvizsgáltatta a Tűzoltó-barlangot, azzal a céllal, hogy a magasabban fekvő részeket az óvóhelyhez kapcsolják, illetve elkerüljék a mélyebb üregek boltozatának  beomlását. A munkálatok közben néhány kisebb új üregre is bukkantak, s az egyik tárna végén a kőtörmelékkel eltorlaszolt nyílást 1948. március 7-én Mohos Béla kitisztította annyira, hogy a szűk résen átvergődött (ez a későbbi Mohos-szorító), s bejutott a Mátyás-hegyi-barlang hosszú rendszerébe. A BETE vezetősége 1948. március 17-én bejelentette a Földtani Intézet igazgatóságának, hogy az óbudai Mátyás-hegyen nagy kiterjedésű, eddig ismeretlen barlangszakaszokra bukkantak, s kérik az Intézetet, hogy jelöljön ki geológust, akinek vezetésével a barlangot szakszerűen megismerhetnék. A kijelölt Jaskó Sándor vezetésével a BETE és a Természetbarátok Turista Egyesületének tagjai hozzáláttak a barlanglabirintus feltárásához és térképezéséhez. Az első kutatás március 24-től április 11-ig tartott, majd Jaskó Sándor még ez év decemberében pótlólag felmérte a nyáron és ősszel felfedezett újabb részeket, mint a Geográfus-termet, a Keleti-omladék-folyosót, az Imre-termet, a Kompasz-ágat és a Sárdagasztó-hasadékot. A Mátyás-hegyi-barlang hossza 1948 decemberéig, a 370 m hosszú mesterségesen készített óvóhelyet is beleszámítva, vetületben mérve 2310 m volt. Az újonnan, a Mohos-szorítóval kezdődően felfedezett barlangnak a Centenáris-barlang nevet adták, miután 1948-ban ünnepelték a Magyarhoni Földtani Társulat megalapításának százéves évfordulóját. Az új, legnagyobb méretű barlangrendszer hossza kb. 1500 m volt. A felfedezésről és az első geológiai vizsgálatokról, a barlang újonnan készült térképéről Jaskó Sándor 1948-ban a Földtani Társulatban előadásban számolt be, s nagy sikerű tanulmányi kirándulást tettek a barlang megtekintésére. Ekkor a Mátyás-hegyi-barlang Magyarország második leghosszabb rendszere volt az Aggteleki-barlang után, messze túlszárnyalva az akkor 980 m-es Pál-völgyi-, a 870 m-es Ferenc-hegyi- és a 810 m-es Szemlő-hegyi-barlangot.
Az 1948. évi felfedezéshez viszonyítva a barlang 1953-ig csak szerény méretekkel növekedett, mint a Félkör alakú-járattal, a Csigalépcsővel, valamint a Kompasz-ág és a Törmelék-labirintus környékével. Ugyanekkor omlások is történtek, megszűnt az átjárás a Tölcsér és az Óriások-útja között, de leszakadást észleltek 1951-ben a Nagy-teremben is.
Az 1950-es évek első felében állandóan nyitva álló barlang sok gondot okozott, mert a csavargóktól kezdve tájékozatlan turistákig, számosan eltévedtek a járatok szövevényében, s több "kutatót" súlyos baleset is ért. A szervezett magyar barlangkutatás újjáéledésével egyidőben előbb az Élelmezésügyi Minisztérium Barlangkutató Csoportja, majd a Vörös Meteor kutatói indítottak újabb támadást a barlang további részeinek feltárására. 1959-ben a Sárdagasztó fölött mintegy 150-200 m hosszú új részt fedeztek fel, a Meteor-ágat. Ugyanebben az évben a Magyar Karszt- és Barlangkutató Társulat erőteljes közbelépésére megoldódott az állandó veszélyforrásul szolgáló barlang lezárása. A sok bejáratot lefalazták, s a főbejárathoz erős vasajtót szereltek. A megnyugvás nem sokáig tartott, mert a következő év márciusában a Kinizsi barlangkutatói a barlang mélyén két kimerült fiatalemberre bukkantak, akik a mégis szabadon maradt - vagy kibontott - egyik bejáraton csúsztak be a mélybe, s ott eltévedtek. Még aznap 14 hívatlan látogatót szedtek össze, s ráadásul a kíváncsiskodók a bejárati vasajtót is feltörték! A rendszeres kutatások az állandó betörések ellenére is folytatódtak, s 1964-ben az OSC barlangászai megtalálták az összeköttetést a Felső-Omladékos-folyosó és a Meteor-ág között. Két alkalommal kísérelték meg a végponti szifon átúszását, s hozzáláttak az új szakaszok térképezéséhez. A következő évben a Vörös Meteor csoport tagjai térképezés közben a Patakmederben több bontásra érdemes járatvégződést figyeltek meg. Az egyik munkahelyen, a Kompasz-ágban 1965. július 4-én háromórás bontással a barlang addig ismeretlen szakaszába jutottak be, előbb csak 60 m hosszban, majd egy hét múlva további 100 m-re. Az újonnan felfedezett szakaszból még az évben 160 m-t feltérképezték, s a már bejárt, de még nem térképezett rész hosszát további 100 m-re becsülték. A Mátyás-hegyi-barlangban egyszerre mindig több csoport is dolgozott, így 1965-ben a két évvel azelőtt alakult Toldy csoport is, amelyik Mikula Gyula vezetésével február-március hónapokban gyakran éjszakai műszakokban tárta fel a Színház-teremből kiinduló, 400 m-t meghaladó Toldy-ágat.
1972 januárjában az Amphora könnyűbúvárok megpróbálták átúszni a barlangi tó szifonját, de a járat kilenc méter után annyira elszűkült, hogy a kutatással fel kellett hagyniuk. Az elért legnagyobb vízmélység három méter volt, s megállapították, hogy a 9 *C hőmérsékletű víz közvetlenül összefügg a karsztvízszinttel (háromméteres mélységben mindössze két méterrel voltak magasabban a Duna szintje fölött, emiatt annak ingadozását követi). Ugyancsak 1972-ben, december 23-án a Vörös Meteor kutatói azt észlelték, hogy az Agyagos-tó vize a korábbihoz képest két-három méterrel magasabbra emelkedett, sőt néhány héttel később a vízmagasság az öt métert is meghaladta. Ugyanekkor a barlang Természetbarát-szakaszában erős csepegést, víz zuhogását hallották. A jelentős vízbetörést az időjárás nem indokolta. Az elvégzett kémiai és szennyezettségi vizsgálatok alapján a víz eredetét ugyan nem sikerült felfedni, de megállapíthatták, hogy a tó szokásos vízszintjében már nem, de a magasabb térszíneken még jelentős feltáratlan üregekkel lehet számolni.
A Mátyás-hegyi-barlang, új szakaszaival együtt,  Vid Ödön által 1971-ben készített térkép szerint, az üregrendszer összhosszúsága 4200 m, legmélyebb pontja pedig 94,4 m-rel fekszik a bejárat alatt. A legmagasabb és legmélyebb pontok közötti távolság 106 m.
A barlang bonyolult járatrendszere ellenére a tájékozódás, a túrázás viszonylag egyszerű azok számára, akik néhányszor már bejárták. Nem véletlen, hogy már többször felmerült a terv, hogy tanulóbarlanggá fejlesszék ki a Mátyás-hegyi-barlangot.
A barlangba a mesterséges táró vasajtaján átlépve juthatunk be, s néhány lépés után, a tárórendszer vége előtt jobbra, keskeny hasadékban kiképzett lépcsőkön át érhetünk el ahhoz az elágazáshoz, ahonnan balra a régi, Tűzoltó-ágba, jobbra pedig a Mohos-szorítón át a Centenáris-szakaszba mehetünk. Utunkat most már különösebb nehézség nélkül az Ebédlő, majd a jellegzetes alakú sziklaszűkület, a Glória érintésével a Nagy-terem felé folytatjuk. A koporsó alakú kőtömb mellett elhaladva, a kis ügyességet igénylő Laci-lépcsőhöz érünk, majd a barlang egyik legfontosabb elágazásához. Balra az Óriások-útja, jobbra a Színház-terem kezdődik. A barlang végpontja felé haladva az impozáns Vadvizek-útján mehetünk az omladékos-terembe, amelyet Operának hívnak. Tölcsér alakú nyíláson óvatosan leereszkedve, hasadékrendszerbe érünk, ahol traverzálva sáros folyosószakaszba, majd a végpontot jelentő Agyagos-tóhoz.
A klasszikus utak közé tartozik a Koporsótól induló, Névtelen-folyosóban folytatódó körút, amelynek a Színház-terembe visszavezető járatrendszere az Óriások-útja mentén érinti a Geográfus-termet. Számos, bonyolultabb járatrendszerben tehetünk még túrákat, amelyek igen különböző nehézségűek és veszélyességűek.
A Mátyás-hegyi-barlang nagy része felső-eocén korú nummulitiszes mészkőben keletkezett, amelyek felső kürtői helyenként elérik a briozoás márgát. A zárókőzetek dőlésviszonyai meghatározzák a járatrendszerek lefutását. A kőzetek általános déli és délkeleti dőlésének következménye, hogy a főfolyosók a csapás mentén futva vízszintesek, míg a dőlésirányban haladó keresztfolyosók általában 30 fokkal délre lejtenek. A barlang fő tömegét adó eocén mészkő alatti triász szaruköves mészkő néhány ponton a barlangban felszínre kerül, mint a Tűzoltó-ágban vagy az Agyagos-patak mentén.
A Mátyás-hegyi-barlang törésvonalai északnyugat-délkeleti, illetve északkelet-délnyugati irányúak, ami jellemző a környék más jelentős barlangjaira is. Igen eltérő a kutatók véleménye abban, hogy a barlangot bezáró kőzetek egymáshoz képest hogyan helyezkednek el, milyen mozgást végeztek. Venkovits István szerint az eocén mészkő torlódott fel a triász képződményekre, s ez a hévforrásműködés után következett be. Pávai Vajna Ferenc ezt a folyamatot pontosan ellentétesen képzeli el. A barlang első részletes geológiai feldolgozója, Jaskó Sándor véleménye az, hogy a tűzoltó-ági találkozásnál a triász mészkő nyomódott meredeken az eocén nummulitiszes mészkőre, a barlang másik, alsó végén, a Tavi-ágnál viszont egyszerű diszkordáns rétegződéssel állunk szemben. Így a két kőzet között nem kell feltételezni tektonikus határvonalat.
A barlangban az idősebb kőzethasadékok mentén több helyen kovasavas-meszes kitöltések (gejzirit), továbbá barit- és kalcitkristályok fordulnak elő. Külön figyelmet érdemelnek azok a nagyrészt már elpusztított egy-két centiméter nagyságú, szirom alakúan csavarodott gipszkristályok, amelyek főleg az Ebédlő környékén fordultak elő. A Tűzoltó-ág folyosójában több centiméter nagyságú, borsárga színű kalcit szkalenoéderek találhatók. A kristálycsúcsok közötti hézagokat meszes iszap töltötte ki, mely megszilárdulva negatív pszeudomorfózákat eredményezett.
A barlang keletkezéséről vallott elképzelések igen sokrétűek, gyakran egymásnak ellentmondók. Az első elméletet 1948-ban Jaskó Sándor alkotta, aki a Mátyás-hegyi-barlang fejlődését három szakaszra különítette el. Először a kőzetrepedések mentén felszálló hévizek a hasadékokban ásványokat raktak le, mint gejziritet, kalcitot és baritot. Ez valószínűleg a levantikumban, mai szóhasználattal a felső-pleisztocénban történt. A második szakaszban kioldódtak a barlang felső részének üregei. Az oldást végző víz hőfoka és áramlási iránya azonban biztosan nem deríthető ki. A barlangfal formáiból, azok üstszerű bemélyedéseiből ítélve, az áramló víz kitöltötte a barlangüregeket. Mindez akkor történt, amikor a tágabb környezetben a Kiscelli-párkánysík bevágódása megindult. A harmadik szakaszban a felső barlangemelet szárazzá vált, a vékonypados kőzetrészeken omlások következtek be. Az alsóbb szakaszokon, a vastagpados eocén mészkőben az üregek falai tartósabbak. Itt megindult a cseppkőképződés, gipszkristályok növekedtek. Közben az alsóbb szinteken új vizes járatok alakultak ki a karsztvízszint közelében. Igen feltűnő különbséget lehet tapasztalni a mély fekvésű élő, patakos barlangjárat és a magasabban fekvő pusztuló, beomlásos részek között. Mindez a folyamat már a pleisztocén végén, a Kiscelli-párkánysík bevágódása után keletkezett.
Az első, vizsgálatokon alapuló elmélethez már annak előterjesztésekor számos kutató pro és kontra hozzászólt, de néhány kérdésben mindannyian megegyeztek. A Mátyás-hegyi-barlang kialakulását döntő mértékben a tektonika, a felső részeken a hévforrások oldó tevékenysége, a tömegmozgások, az alsó részeken pedig a karsztvíz tágító hatása szabályozta. A különböző keletkezési elméleteket új vizsgálatok alapján később, 1954-ben Bariss Miklós egyeztette, s szerinte a barlang kioldódása a felső-pleisztocénban vagy még inkább a pleisztocén elején indult meg, amikor a Kiscelli-párkánysík kialakult, s addig tartott, amíg itt a Duna bevágódása el nem kezdődött. Szerinte a párkánysík magasságában kellett lennie a karsztvíz szintjének, s valószínűleg ugyanitt volt a hévíz forráspontja is (153 m tszf. magasságban). Ekkor, valószínűleg a középső-pleisztocénig alakult ki a barlang felső, hévforrásos szintje. A Duna bevágódásával alább szállt a karsztvízszint, a hévíz tovább már nem oldott. Erre a barlangban az utal, hogy az alsóbb szinteken, a Prézli alatt hévizes nyomok már nem fordulnak elő. Megerősödött a karsztvíz tevékenysége, amely a repedések mentén tágította a mélyebb részeket. A felső szintet viszont megkímélte a karsztvizes korrózió, a szárazra került barlangágakban omlások, tömegmozgásos jelenségek formálták ki a barlang arculatát. A felszínről beszivárgó vizek enyhén korrodálták a falakat, s kezdték eltüntetni az eredeti hévizes nyomokat. Az új-pleisztocénban mindinkább magasabbra került a felső szint, ugyanekkor az erózióbázis süllyedésével mind mélyebbre vágódott az élő karsztvíz szintje, kialakult a mai állapot. 

A Szemlő-hegyi-barlangnak sok jellegzetessége van. Ez volt az első nagyméretű "hévizes" barlang, zsúfolásig tele szokatlan formájú ásványokkal. Mind a mai napig erről a barlangról áll csak rendelkezésünkre mérnöki pontosságú, minden igényt kielégítő térkép, amelyet amatőr barlangkutató, a bőrdíszműves polgári foglalkozású Horváth János készített.
Felfedezésének közismert története úgy kezdődött, hogy 1930. szeptember elején Miklóssy Géza gyógyszerész szemlő-hegyi telkén kőfejtés közben a munkások üregre bukkantak. A beomlott nyíláson bedobott kövek hosszabb gurulásából arra lehetett következtetni, hogy a feltárult üreg nagyobb mélységbe vezet. Mivel a tulajdonosnak semmilyen eszköze s talán kedve sem volt a barlang bekúszásához, a Budapesti Egyetemi Turista Egyesület Barlangkutató Szakosztályához fordult azzal a kéréssel, hogy kutassák át az újonnan felfedezett mély üreget.
Az Egyesület akkori elnöke, Sebős Károly és főtitkára, Futó András örömmel vállalkozott erre a feladatra, s szeptember közepén teljes felszereléssel kiszálltak a helyszínre. A kőtörmelékkel kitöltött nyílásba leereszkedve, a szűk hasadékon átkúszva, a kutató diákok meredek lejtésű, csatornaszerű folyosóba jutottak, amely 24 m távolságban agyaggal és törmelékkel annyira el volt zárva, hogy feltáró munka nélkül itt továbbmenni nem tudtak.
Szeptember végén a Szakosztály új elnöke Kessler Hubert lett, aki Futó András társaságában felkereste a barlangot, most már azzal a szándékkal, hogy a törmeléktorlaszt kibontva megkísérlik a továbbjutást. Ez aránylag csekély munkával sikerült is, s még aznap bejárták a barlang legfontosabb részeit. A következő napokban Kessler elkészítette a barlang térképvázlatát, s első benyomásairól hamarosan cikket jelentetett meg a Turistaság és Alpinizmus című lapban.
A barlang feltárására, rendezésére és idegenforgalmi kezelésére 1937. évi május hó 19-én, a Magyar Barlangkutató Társulat kebelében "Szemlőhegyi Bizottság" alakult, ennek elnöke a barlang tulajdonosa: Miklóssy Géza gyógyszerész lett. Később a Székesfőváros anyagi támogatásával bővítették, kényelmesebbé tették a barlang bejárását, s javaslat született arra, hogy a természeti ritkaságot Kadič Ottokárról nevezzék el. A tulajdonos közben vonakodott az idegenforgalmi kötelezettségek betartásától, a tárgyalások sikerét a "tulajdonos csökönyös magatartása" meghiúsította. A felfedezést követő évek viszontagságai következtében a barlang hosszú időre szabadon állt a pusztítás előtt, s a rendszeres kutatást csak 1958-ban indította el a Kinizsi csoport Palánkai János vezetésével. Előbb az Óriás-folyosó nyugati végét elzáró 30 m magas omladékhegynél, az ún. Halál-folyosóban láttak munkához. Utóbbi nevét azért kapta, mert a megelőző munkálatok idején az itt dolgozókat állandó életveszély fenyegette. Az omladékon átjutva felfedezték a Föld-szíve-termet. Az 1958. évi kutatások máshol is sikerrel jártak, mert a csoport többi része a Kuszodán túl mintegy 60 m hosszú ágat tárt fel, amely néhány ponton annyira elszűkült, hogy csak hasonkúszva lehetett továbbmenni. A közbenső kis termeket mindenhol hófehér színű aragonit borította. Az új szakasz vége a márgával teljesen kitöltött "Csengő-terembe" torkollott. Hosszú ideig nem tudtak továbbjutni a terem végét jelentő szűkületen, de november elején egy véletlenül megrúgott kő egy kalcitlemez alá gurulva nem állt meg, hanem a hangja után ítélve  nagyobb terembe esett. A nyomában talált ökölnyi lyukat a kutatók kivésték, s bejutottak a barlang legszebb részébe, a Közgyűlés-terembe. Három oldalát fehér, a negyediket vörös színű képződmények borították. A Kinizsi barlangkutatói boldogan zárhatták a jelentésüket azzal, hogy "az 1958-ban felfedezett barlangrészekkel a 28 éve ismert barlang eddig feltárt szakaszait majdnem egy kilométerre növeltük".
Az 1958-ban feltárt új barlangágak felmérését 1959-ben a Vörös Meteor barlangkutatói kezdték el, s megállapították, hogy a "Föld-szíve"-szakasz teljes hosszúsága 219 m, s a bejárathoz viszonyított legmélyebb barlangi pont a Közgyűlés-teremben van, 44,2 m-rel.
Az 1960-as évek elején a Kinizsi barlangkutatói főleg a bejárat közeli, ún. Kinizsi-kútban folytattak évekig agyagkitermelést, s azt remélték, hogy a 13 m mélyen húzódó Egyetemi-szakasszal sikerül az összeköttetést megtalálniuk. Ugyanekkor készítette el, 1961-1962-ben a barlang legpontosabb, s egyben a magyar barlangok közül a legrészletesebb térképet Horváth János. A barlang járataiban sorszámmal ellátott 74 db alumínium táblácskát helyeztek el azonosítási pontként, s közben kb. 570 műszeres és 380 mérőszalagos mérést végeztek. A járatkontúrok és a 117 keresztszelvény megrajzolásához mérőléccel mintegy tízezer pontot mértek be. Az elkészült térképet bemutatták az 1965. évi országos térképkiállításon, s ugyanebben az évben publikálták is a Karszt és Barlang című szakfolyóiratban. A barlang összhosszúsága 1962 m-nek, a járható alapterület 1900 m2-nek, az üreg légtere 5760 m3-nek adódott. Később, az 1970-es évek második felében hivatásos bányamérők újból felmérték a barlang egyes szakaszait, s meggyőződhettek arról, hogy az "amatőr" munka olyannyira pontos, hogy arra nyugodtan tervezhettek mesterséges tárót, aknát.
1973-ban újból a nagyközönség figyelmének központjába került a Szemlő-hegyi-barlang, mert a Magyar Televízió bevonásával 30 napos föld alatti táborozást rendeztek, amely az első ilyen jellegű vállalkozás volt hazánkban. Ugyanebben az évben a kutatóknak sikerült a Hosszú-folyosóból kiindulva egy új, összesen 80 m hosszú barlangjáratot is feltárniuk.
Kisebb felfedezések azóta is történtek, mint 1978-ban egy 18 m-es járat feltárása, amely a Kuszoda végpontjához vezet, de jelentős új szakaszokkal nem sikerült növelni a barlangot.
A Szemlő-hegyi-barlangot - a könyv írásakor még tartó kiépítés előtt - a Barlang u. 8. sz. telken kiképzett ajtón át, az eredeti felfedező ágon át közelíthetjük meg. A bejárati szakaszt az 50 m hosszú, valószínűleg ősi forrásjárat, az Örvény-folyosó alkotja. Ennek délnyugati folytatásában az Oldal-folyosóba, a felső tízméteres kürtőn át a Kinizsi-szakaszba, a hasadék feltöltése mellett a Rózsalugasba, az átjárón át pedig az Óriás-folyosóba jutunk. Ez utóbbi a barlang legnagyobb folyosója, melynek falait vastagon borítják a kővirágszerű kristályfürtök. Az Óriás-folyosó felett 41 m hosszúságban húzódik a nehezen járható, szűk kúszóág, a Sárga-szakasz* balra a Hosszú-folyosó bejárata, jobbra az oldal-folyosó nyílik, amelynek átjárója volt a híres, felfedezése idején kristályokkal zsúfolt Gyémánt-fülke. Az Óriás-folyosó folytatása az 1958-ban felfedezett Kadič-szakasz a Föld-szíve-teremmel, s legmélyebb pontján a Magyar Karszt- és Barlangkutató Társulat alakuló közgyűléséről elnevezett 9 m hosszú Közgyűlés-teremmel.
Az Óriás-folyosóval párhuzamosan futó, abból nyíló, de ellenkező irányú, változatos szelvényű főjárat a Hosszú-folyosó. Az ásványok itt olyan gazdagságban borítják a falakat, hogy sok helyen szinte teljesen elzárták a továbbvezető utat, mint azt a Tű-foka nevű, egykor rendkívül szűk nyílásnál is. A Hosszú-folyosóból indul a két szintű járatrendszer, a Kuszoda.
A barlang idegenforgalmi bemutatására az 1970-es évek végén, hosszú és nehéz előkészítő, meggyőző munka után, megkezdődött az építkezés az Országos Természetvédelmi Hivatal megbízásából. A Szemlő-hegyi-barlang, a többi nagy budai barlanghoz hasonlóan, eocén nummulitiszes mészkőben keletkezett, de a felszínhez közelben húzódó hasadékai elérik a fedő briozoás márgát. A barlang lényegében két, északkelet-délnyugati irányú, egymással párhuzamos, jellegzetesen tektonikus eredetű hasadékból áll. A folyosók általában szűkek, de gyakran kiöblösödnek. A többi közeli nagy barlanggal való hasonlóságát valószínűleg keletkezési körülményei is alátámasztják. A sajátos oldási formák, különösen az ásványgazdagság arra vezette már az első kutatókat is, hogy e barlangot az egykori hévizek tágították ki, majd borították el ásványokkal. Sokan a bejárati Örvény-folyosót a hévíz feláramlási pontjának tartják, míg máshol a hegységszerkezeti mozgások révén keletkezett hasadékok adják meg a barlang jellegzetes formakincsét. Feltehető, hogy a hévizek barlangtágító tevékenysége a pliocén végén, pleisztocén elején zajlott le, hasonlóan mint a közeli, mindössze 40 m szintkülönbséggel fekvő Ferenc-hegyi barlang esetében. Hidrotermális ásványi kitöltése nagyon sokrétű és gazdag. A barlang üregeiben a mészkőréteg felületén limonit, gejzirit változatos megjelenésű és keletkezésű kalcit, montmilch, borsókő, aragonit, gipsz és agyagásványok ismerhetők fel. A felfedezés idején különösen a kőrózsák voltak rendkívül szembetűnők, amelyek helyenként kelvirágra, szőlőfürtre vagy mohára emlékeztettek. Különlegességük nem abban állt, hogy más barlangokból nem ismertük, hanem a hirtelen gazdag tömeges megjelenésük volt megdöbbentő. Már Kesslernek és Kadičnak is szembetűnt, hogy a kőrózsák az összes barlangrészben csak bizonyos magasságig találhatók meg, fölöttük a magasba nyúló sziklafalak kristályoktól, képződményektől mentesek. Mindebből arra következtettek, hogy a barlang üregeit hosszú ideig víz töltötte ki, s az ásványok az oldott sókban gazdag meleg vízből, a víz felszínén, illetve a víz alatt váltak ki. A barlang szerkezetét, morfológiáját, ásványos és üledékes kitöltéseit együttesen értékelte 1964-ben Berhidai Gyula, s jellegzetes mintaszelvényként vizsgálta az Óriás-folyosót. Megállapította, hogy a szűk tektonikai hasadékok azokon a helyeken, ahol valószínűleg a hévforrás feláramlása erősebb volt, s a hasadékok metszéspontjain az üregrendszer termekké szélesedett ki. A nagyobb termek, de az egész barlang járószintje, talppontja közel egy magasságban fekszik, ami a kioldódás egykori szintjét jelzi. Az alsóbb részeken a hasadékok járhatatlanul elszűkülnek. Az Óriás-folyosó keresztszelvényében törvényszerűen megfigyelhető az alsó elkeskenyedő, törmelékkel kitöltött talppont, felette a járható folyosószakasz, dús ásványi kiválásokkal. Az ásványos szint felett kezdődik a látható és elkeskenyedő hasadékrész, simára korrodált sziklákkal, helyenként márgás kitöltésekkel, majd a barlangot felülről a keskeny hasadékok mentén kialakult gömbfülkék zárják le.
A Szemlő-hegyi-barlangban valódi, tömör szerkezetű, sztalagmitokból, sztalaktitokból vagy oszlopokból álló cseppkövet alig ismerünk. Ezek, ha kis mennyiségben meg is találhatók, már a melegvizes ásványlerakódási szakasz után, a leszivárgó vizekből váltak ki. Ezért is nevezték régen a barlangot aragonitbarlangnak, mert eltérően a hazánkban általánosan elterjedt kalcit alapanyagú cseppkövektől, itt az első vizsgálatok szerint aragonitásvány fordul elő, s egyáltalán nem a klasszikus cseppkő formájában.
A barlang egyes szakaszait elmállott márga, mésztufa, barlangi agyag és törmelék tölti fel, a kőomlások maradványai igen gyakoriak. Mindezek a jellegek azt mutatják, hogy a barlang már túljutott fejlődésének első tágulási, majd ásványokban gazdagodó szakaszán, s belépett a pusztulás fázisába, amikor a barlangjáratok a felszínt megközelítve, gyakran beomlanak. Ettől ugyan néhány emberöltőnyi távolságban nem kell tartani, de attól igen, hogy még fel nem fedezett, bizonyosan létező szemlő-hegyi üregek a terület beépítésekor sok bosszúságot fognak okozni az építtetőknek, de ugyanakkor örömöt a barlangkutatóknak.

Budapest nagy barlangjai között a Ferenc-hegyi-barlang hosszúságában alig marad el a Mátyás-hegyi-barlang mögött, szövevényes, labirintusszerű járataival viszont mindegyiket felülmúlja. Nem tartozik a nagy technikai felkészültséget igénylő üregek közé, inkább szűk, mint tágas járatairól nevezetes.
1933 szeptemberének végén a Székesfőváros a Törökvész úton csatornázási munkálatokat végzett, s ekkor, a csatornaárok egy helyen történt mélyítése alkalmával üregre akadtak. A felfedezésnek gyorsan elterjedt a híre, s az első, aki az üreg megtekintésére sietett, Miklóssy Géza gyógyszerész volt. Az ő telefonértesítésére Kadič Ottokár még aznap kiszállt a helyszínre, s látva, hogy rendkívül nehezen járható, szűk üregre akadtak, felkérte Kessler Hubertet, hogy kutassa át az üreget. Az első cél annak elérése volt, hogy az előrehaladott csatornázási munkálatok folyamán megnyílt barlang bejáratát be ne építsék. A következő teendő a barlang részletes bejárása és felmérése volt* ezt a nehéz munkát Kessler Hubert vezetésével a BETE barlangkutatói végezték el. A következő években az egyetemi barlangkutatók folytatták feltáró munkájukat a Ferenc-hegyi-barlangban, és az első feltárások óta a barlang hossza majdnem háromszorosára nagyobbodott, és 870 m-t ért el.
A háború alatti, majd az azt követő eseményekről kevés történeti adat áll rendelkezésünkre,  de annyi bizonyos, hogy a barlang rendszeres kutatása csak 1957 második félévében kezdődött el, amikor az Igazságügyi Minisztérium és a Legfőbb Ügyészség Barlangkutató Csoportja Szilvássy Gyula és Andor vezetésével megalakult. Kessler Hubert és Jaskó Sándor munkálatai nyomán újratérképezték a teljes barlangot, sőt annak hosszát egyharmadával sikerült is megnövelniük. 1959-re elkészült a barlang teljes, új járatokat is tartalmazó térképe. Eközben a Vámőrség csoportja segítségével Loksa Imre, biológiai vizsgálatokhoz kapcsolódóan, barlangklimatológiai méréseket is végzett. 1963-ban az Alvilág bejáratát képező Ferde-terem felső sarkánál sikeres bontás révén bejutottak az I. sz. délkeleti főhasadékba. A feltárás következménye váratlan volt. Egymást követték a nyitott hasadékok, s ezáltal az addig ismert 2070 m-es barlanghosszúságot 1100 m-rel megnövelték, 1963 végére már 3180 m összhosszúságban ismerték meg a Ferenc-hegyi-barlangot, amely ezzel  az ország harmadik leghosszabb természetes föld alatti rendszerévé lépett elő. A most feltárt részek jellegüknél fogva szervesen kapcsolódtak a barlang addig ismert szakaszaihoz. Hosszanti és keresztirányú repedésrendszereket, gazdag aragonit- és cseppkőképződményeket találtak. A délkeleti főhasadékok az egész barlangrendszer addig ismert legszélesebb járatainak bizonyultak. A következő évben újabb 450 m-rel növelték meg a barlangot, így immár 3560 m hosszúságúra. Legérdekesebb új szakasznak a Kanyon-járat bizonyult, amelynek fala teljesen sima, s vékony cseppkőkéreg vonja be. A VI. sz. főhasadék egyik gömbfülkéjében mintegy húsz darab sztalagmitot találtak, ami a Budai-hegység barlangjaiban nem gyakori. A kutatók jelentésükben viszont szomorúan leírták azt is: "nagyon sajnáljuk, hogy a múlt évi beszámolónkban közöltük a barlang teljes térképét, mivel önmagukat "barlangkutatónak" nevező barbárok a barlang újonnan feltárt legszebb részein karbidlámpájukkal nemcsak nevüket írták fel a falra, hanem a legszebb képződményeket levésték, és rendszertelen, téves jelzésekkel kormozták tele a falat".
Az 1970-es években, nagyrészt a munka zömét végző Vámőrség csoport szétforgácsolódása, s lelkes vezetője, Szilvássy Andor halála után, jelentős új feltárásokra nem került sor. 1972-ben a délnyugati IV. sz. főhasadék bontásával 185 m-t haladtak előre, s több kisebb-nagyobb új rész megismerése után, a barlang teljes hosszúsága 1977-re elérte a négy kilométert.
A barlang jelenlegi bejárata a Hármashatár-hegy csoportjához tartozó Ferenc-hegyen, a Törökvész u. 70. sz. ház telkén, az újonnan kiképzett és lezárt ajtón keresztül közelíthető meg. A labirintusrendszer egy északnyugat-délkeleti és erre merőleges északkelet-délnyugati irányú keskeny hasadékrendszer mentén alakult ki. A barlangi túra klasszikus útvonalán a következő képződményeket érintjük: a bejárati folyosó jellegzetes, szűk helyein, mint a Harakirin, a Csúszdán és a Kígyó-torkán átvergődve, az egymást keresztező hasadékok tömkelegébe jutunk. A főhasadék északnyugat-délkeleti irányú. A második főhasadék végén találjuk az Omladék-termet, a harmadik főhasadék és a második kereszthasadék találkozásánál a Gomba-termet, amely utóbbi egy hatalmas gomba alakú sziklaképződményről kapta nevét. Tovább az Akna-terembe számos járat vezet, de még bonyolultabb az utána következő Labirintus útvesztője. Csak nehezen találjuk meg az utat a szűk Bocskay-kapun át a Barit-folyosóba, amelyet a falat borító borsárga színű kristályokról neveztek el. Hamarosan a barlang egyik legnagyobb üregébe, a Bocskay-terembe érünk, amelynek falai mentesek minden látványos díszítéstől. Utunkat dél felé folytatva, a falakat ismét borsókövek, kőrózsák díszítik, de egyre inkább szembetűnnek a korrodált sziklafalak, s a járat végén folyóhordalékszerű lerakódást, gömbölyű kvarckavicsokat találhatunk. Északra fordulva, a labilis törmelékhalmazon felmászva a Felső-emeletre érünk, ahol két igen érdekes teremre akadunk. A falak ugyanis teljesen simák és gömbölyűek, a kutatókra azt a benyomást teszik, mintha egy nagy golyó üres belsejében volna. A Felső-emelet északi részében, a járat szűkületén át a barlang legnagyobb üregébe érünk, melynek folytatása meredek szakadékba vezet, ahol visszatérhetünk az Alsó-szintre.
A Ferenc-hegyi-barlang ugyanúgy, mint a közelben fekvő többi budai nagy barlang, tektonikus hasadékok mentén, elsődlegesen a melegvíz hatására keletkezett. Talán az összes közül ebben találjuk meg a legtöbb hévízre utaló ásványi anyagot. Már a felfedezéskor feltűnt a hosszában kettétört, ásványos Hévforrás-cső, amely - nevéhez méltóan - az egyik melegvíz-feltörési pont lehetett. Az eocén nummulitiszes mészkő falait és repedéseit sokfelé borítja barit, amely valószínűleg a barlangtágulást közvetlenül megelőző, magasabb hőmérsékletű vízből vált ki. Érdekes, hogy Kerekes József a barlangban barittal bevont, valószínűleg pannon üledékből származó kvarckavics-konglomerátumot talált. Ennek alapján ő a barlang kialakulását a felső-pannonra helyezte. A fiatalabb, alacsonyabb hőmérsékletű melegvízből keletkeztek a borsókövek (aragonitok?), karfiolszerű és lemezes kristályhalmazok. De ismerünk nyomokban gipszkristályokat, gejziritet, lublinitet is. A felszínhez közeli barlangágak megközelítik, sőt több helyen el is érik a fedő, kevésbé állékony briozoás márgát.
Annak ellenére, hogy a Ferenc-hegyi-barlang hazánk egyik legjelentősebb üregrendszere, tudományos feldolgozása alig történt meg. Átlagos középhőmérséklete 9,9 *C, amely értéket Loksa Imre mérte 1958. évi vizsgálatsorozata alkalmával. A barlangi klímaviszonyok elsősorban a barlang és a felszín kapcsolatát, a hasadékrendszerek összeköttetéseit tükrözik hűen. 

Budapest szívében, történelmi negyedében fekszik az a hatalmas barlangpince-rendszer, amelyet régebben "Török-pincék"-nek neveztek, s összes hosszúsága meghaladja a tíz kilométert. A budai Várhegy márgasorozatát fedő teraszkavics s az azt borító hatalmas kiterjedésű édesvízi mészkősorozat határán természetes üregek sorozata könnyítette meg a várbeli lakosok életét. A puha mésztufába vágott pincéiket  nem kellett sokáig mélyíteniük, mert csaknem minden ház alatt előbb-utóbb barlangra bukkantak. A természet adta ajándékot átalakították, kibővítették, az üregeket folyosókkal kapcsolták össze, a víztartalmú kavicsrétegekbe kutakat mélyítettek. Máshol pedig éppen betömték a természetes pincéket, nehogy a felette épült ház megrepedezzen vagy összedőljön.
Nem véletlen, hogy a várhegyi barlangpince-rendszer különleges helyet foglal el a hazai barlangok között. Legnagyobb mésztufában keletkezett föld alatti rendszerünk, amely gazdag történelmi hagyományokkal és igen bőséges tudományos lehetőségekkel rendelkezik. Az újkor embere mégis sokáig alig vett róluk tudomást, s maguk a lakók sem tudták, hogy mi rejtőzik lakásuk, utcájuk alatt.
Az első, aki tudomásunk szerint a várhegyi pincékkel foglalkozott, Schubert Ignác székesfővárosi mérnök volt a múlt század nyolcvanas éveiben. Több évi munkával pontosan felmérte a föld alatti rendszert, majd térképei felhasználásával készítette el Szongáth Tamás 1908-ban azt a nagyszabású tanulmányt, amely a várbéli alagút víztelenítési munkáit tűzte ki célul.
Földtani érdekességeivel előbb 1863-ban Krenner József ismerkedett meg, amikor az Úri utca 12. sz. ház pincéjében feltárt édesvízi mészkőben borsóköveket, vagyis pizolitokat talált. Később Schafarzik Ferenc is vizsgálta a szokatlan képződményeket, s megállapította, hogy e helyen legalább 30 *C-os vízfeltörésnek kellett lennie, s annak kráterében képződtek a koncentrikus szerkezetű, gömb alakú ásványok.
A műszaki és tudományos szempontok alapján megismert várhegyi üregekről mindeddig azt hitték, hogy azokat kizárólag emberkéz alkotta. A Barlangkutató Szakosztály egyik ülésén a Hadimúzeum igazgatója felhívta a szakemberek figyelmét, hogy a "Török-pincék" ugyan nagyrészt emberkéz alkotta építmények, de neki az a benyomása, hogy eredeti, természetes vonásokat is megőrzött. Így történt, hogy Kadič Ottokár 1931 szeptemberében megtekintette a "pincéket", s mint írta, "már az első bejárásnál legnagyobb meglepetésemre azt tapasztaltam, hogy a szóban levő pincék eredetileg természetes úton mésztufában keletkeztek, később azután, történelmi időben bővítették, mélyítették, és helyenként aláfalazták".
Hamarosan elkezdte a hivatalos, rendszeres kutatást, ami kezdetben nem ment könnyen, mert "megjelenésünk sok helyen gyanút keltett, egyes házmesterek nem tudták megérteni, hogy miért kell ezeket az elhagyott helyeket kutatni. Gyakran csak beható magyarázgatás és végső esetben a hivatalos megbízólevél felmutatása után engedtek a pincébe". A munkát befejezve Kadič Ottokár terjedelmes szakvéleményt készített a Várhegy alatt húzódó rendszerről, amelyben felhívta a figyelmet azok földtani, légvédelmi és idegenforgalmi jelentőségére. Megállapította azonban, hogy a várbeli "Török pincék" leginkább barlangtani szempontból érdekesek. Ezek két vagy három emeletben, egymás fölött fekszenek. A felső pincék a megszokott magasságban, az épületek alatt, a felszíntől két-három méternyi mélységben, lágy talajban épültek. Ezek mind téglával vagy kővel boltozva és falazva vannak, alsó szegélyük azonban már természetes mésztufából áll. A középső pincék szintén az épületek alatt vannak, nagyobbrészt mésztufában épültek, de többnyire még boltozva és falazva vannak. Az alsó pincék átlag 8 m mélységben a mésztufa alján, természetes úton a víz kilúgozó és kivájó hatása következtében fejlődtek, és túlnyomó részben a háztelkeken kívül, az utcai úttest alatt terjednek. Ezek a "Török pincék" tehát természetes eredetűek, vagyis mésztufában képződött barlangok. Mennyezetük mindenütt természetes mésztufa, oldalaik gyakran szintén mésztufából, folyami lerakódásból vagy márgából állanak.
Miután Kadič javaslatot tett a várbeli pincék hasznosítására, a kerület elöljárósága Mottl János irányításával kitakaríttatta az üregeket, az egyik felső pincéből feltárt régi bejáratot rendbe hozatta, majd villanyvilágítást bevezetve, a szélesebb közönség számára is járhatóvá tette. 1935-ben létrehozták a Várhegyi Bizottságot, s a kezeléssel megbízták a Magyar Barlangkutató Társulatot. A barlangpincéknek idegenforgalmilag helyreállított részét pedig "Várhegyi-barlang" néven vezették be az irodalomba. Ugyanekkor megkezdődtek a légvédelmi kiépítések is, amely munkával az illetékes minisztériumok szintén a Barlangkutató Társulatot bízták meg, de - mint Kadič Ottokár megfogalmazta - "mindezekről a nagyszabású feltáró munkálatok eredményeiről nyomtatásban nyilvános beszámoló, érthető okoknál fogva, nem jelent meg".
Miután a Várhegyi-barlang idegenforgalmi kiépítése a Szentháromság-téri elöljárósági épület alatt befejeződött, 1935. augusztus 17-én megnyitották a nagyközönség számára. A látványosság növelése érdekében az egyik kis fülkében csontkamrát létesítettek, ahová a várbeli kazamatákból előkerült emberi koponyákat és végtagcsontokat hordták össze. A megnyitott barlangnak olyan nagy sikere volt, hogy az első másfél hónapban már 3904-en látogatták meg. Az eredményben nagy része volt Barbie Lajos pénztárosnak is, akit a Várhegyi Bizottság a barlang gondnokának nevezett ki, s ezt a tisztet nagy szakértelemmel és lelkesedéssel végezte. A következő évben a Székesfővárosi Képtárban feleslegessé vált 20 db vitrin segítségével állandó kiállítást létesítettek, magalapították a barlangi gyűjteményt, amelynek anyagát évről évre fejlesztették. 1937-ben tovább bővítették a bemutatott barlang területét, mert új lejáratot készítettek, amely az elöljárósági épület két udvarát összekötő átjáróból indult ki. A Hadik-szobor alatti barlangpincében új altárót nyitottak, amivel összekötötték a már ismert részeket az Úri u. 26. sz. ház alatti barlanggal. A következő évben a bővítést folytatták a 28-as sz. ház irányába, s végül körjáratot alakítottak ki, ahol a nagyközönség kényelmesen tudta megtekinteni az egyre gazdagodó gyűjteményt. 1942-ben a szépen kiépített Várhegyi-barlangból négy termet légoltalmi célokra leválasztottak, s ezzel a bemutatott látványosság jelentősen csökkent, csakúgy, mint a háború alatti látogatottság is. A gyűjtemény sorsát végül is a háborús események pecsételték meg, miután az elöljárósági épület bombatalálatot kapott, s a megmaradt értékeket széthurcolták. Az újjáépítés és konszolidáció hosszú időszakát követően a Hazafias Népfront I. kerületi bizottságának segítségével a Magyar Karszt- és Barlangkutató Társulat 1961. április 30-án ismét megnyitotta az átalakított, de ugyanott létesített Barlangtani Múzeumot. A Barátosi József által összefogott igen lelkes barlangkutató gárda szép sikere volt ez az esemény, amelynek során valóban poraiból kellett feltámasztani az egykori közkedvelt múzeumot. A kiállítás része volt a helyiségeket kölcsönző Budapesti Történeti Múzeumnak, s a látogatók annak megtekintésével együtt jutottak le a barlangtani részleghez. 1962-ben további részeket csatoltak a már megnyitottakhoz, s ezeket 1963. második félévében már több mint ezren látogatták. A Vár alatt húzódó öt kilométeres szakasz jelentős részét is sikerült az érdeklődő nagyközönség számára hozzáférhetővé tenni. 1964-ben befejeződtek az alsó barlangszakasz világításának munkálatai, de azok sajnos hamarosan tönkrementek. Megkezdődött az új szakasz régészeti kutatása, valamint a kutakba könnyűbúvárok merültek, hogy megállapítsák azok mélységét, állapotát. A következő évben, 1965-ben jelentős változás állt be a Barlangtani Múzeum létesítményeiben, miután a házigazda, a Budapesti Történeti Múzeum nem vállalta tovább a barlang pincéiben elhelyezett gyűjtemény kezelését, s ezzel megszűnt a "klasszikus", még Kadič Ottokár által alapított, majd később nagy lelkesedéssel újrarendezett kiállítás. Szerencsére új lehetőség nyílt, s a Társulat megnyithatta az Úri u. 9. sz. ház aljából induló nagy kiterjedésű barlangszakaszt. Ennek első termében a régi kiállítás roncsaiból, valamint több szervezet adományából, a Barátosi család által vezetett lelkes Geológiai Technikumi tanulók munkájával, új kiállítás létesült, amely azonban már nyomába sem léphetett a réginek. Az újonnan megnyílt rész látnivalókban, főleg történelmi emlékekben bővelkedett. A vasárnapi látogatók megnézhették a XIII-XIV. századból származó gótikus kapukat és oszlopot ugyanúgy, mint a Zsigmond császár korából származó (XIV-XV. sz.) kapurészletet vagy a török oszlopot, boltívet, barokk falazatot és borospincét. A bemutatott szakasz külön érdekessége volt a mintegy 80 kút, amelyeket a XIII. századtól kezdtek építeni. Rendszerint a felszínről kezdték el mélyíteni, majd a barlangot átütve, annak márgás, kavicsos talpába süllyesztették mindaddig, amíg vizet nem találtak. Így nagyon is praktikus vízszerzési pontokat alakítottak ki, mert békeidőben a felszínről húzhatták a vizet, háborúk alatt pedig a barlangba menekülve sem maradtak ivóvíz nélkül. A bemutatott járatoknak kb. 20 %-a volt mesterséges, amelyek nagy részét századunkban, s főleg a második világháború idején, majd az azt követő időkben építették. A látogatók száma minden évben tíz- és húszezer között mozgott, mígnem 1976-ban a világítás tönkrement, s a barlang nagy részét víz öntötte el, ezért be kellett zárni. 1980-ban újra kísérlet történt arra, hogy a nagy anyagi befektetést igénylő renoválást el lehessen végezni, de mindeddig csak terv maradt.
Miközben a barlangpince-rendszer feltárása, kiépítése történt, megindultak a különböző tudományos vizsgálatok is. Az üregekben kitűnően lehetett tanulmányozni a Várhegyet fedő kőzetek rétegződését, ősmaradvány-tartalmát. Az alapot adó budai márgára települt teraszkavicsot először az Országház u. 6. sz. alatti pincében találták meg, amelyek anyaga egyesek szerint az Ördög-árok, mások szerint az ős-Duna lerakódása. Az itt lerakódott kavics földtani korát az Úri u. 72. sz. ház pincéjének feltárásakor előkerült csontmaradványok segítségével lehetett meghatározni. A rossz megtartású, de gazdag nagyemlős anyagot a feldolgozó Mottl Mária az akkori ismereti szintnek megfelelően preglaciálisnak, vagyis az eljegesedés előtti korúnak határozta. Ma ez az állattársaság a középső-pleisztocén idejére, a mindel glaciális elejére helyezhető. A csontos kavicsra települő rétegsorból, de még az édesvízi mészkő alól különleges kovaszilánkok kerültek elő. E később igen fontossá váló leletekről Kadič Ottokár ezt írta: "Mivel utóbbiaknak megmunkálása igen kezdetleges, és típus nincs közöttük, emberi eredetük eleinte kétes volt, később azonban ugyanebből a rétegből fosszilis csontból készített, a közepén átlyukasztott kicsi korong került a kezembe, ez arról tanúskodik, hogy az itt gyűjtött csont- és kovaeszközök ősemberi maradványok. Hogy a talált tárgyak, melyik kultúremeletbe tartoznak, azt ebből csekély számú leletből nehéz eldönteni, az egynéhány hegyből ítélve, legvalószínűbbnek látszik, hogy a musztérien valamelyik szintjét fedeztük fel a budavári Várhegy mélyén." A Kadič idejében még igen bizonytalan leletek meghatározását és perdöntő jelentőségét a vértesszőlősi mésztufabányában 1963-ban felfedezett előemberi telep megismerése segítette elő. Ekkor ugyanis hasonló korú és szintén atipikus kőeszközök kerültek elő, amelyek alapján Vértes László ősrégész előkereste a Nemzeti Múzeum gyűjteményében őrzött várhegyi leleteket, s megállapította róluk, hogy azok szintén az előember készítményei. 1965-ben, a magyarországi őskőkori és átmeneti kőkori leleteket összefoglaló könyvében megállapította, hogy "a vértesszőlősi lelet az 1939. évi várhegyi, Úri utcai Kadič-anyag újraértékelését is megköveteli. Az azonos fauna és a gyűjteményünkben levő 17, meglehetősen atipikus, de felismerhető kavicseszköz alapján a két lelőhelyet azonosítottuk mind kor, mind kultúra szempontjából. A prioritás a várhegyi leleté, ezért a gazdag vértesszőlősi anyag segítségével jól definiálható új régészeti ipart Buda-ipar néven írtuk le." A Vár-barlang területéről 1968-ban újra előkerült néhány kavicseszköz-töredék.A kezdeti őslénytani vizsgálatokat az 1950-es évek végétől Krolopp Endre folytatta, aki a pincéket és barlangokat járva a mésztufához kapcsolódó mésziszapból gyűjtött csigamaradványokat, miközben több ponton kisemlősök csontjaira is bukkant. Ezért a gyűjtésbe bekapcsolódott Jánossy Dénes paleontológus is, s együttesen több, igen jelentős őslénytani lelőhelyet tártak föl, elsősorban a Fortuna u. 25. sz., az Országház u. 20., 21. és 26. sz. házak pincéjében. A leletek alapján meg lehetett határozni az édesvízi mészkőkomplexum korát, amely a középső-pleisztocén végének adódott.Az őslénytani kutatásokkal párhuzamosan a hazai édesvízi mészköveket vizsgáló kutatók - mint Scheuer Gyula és Schweitzer Ferenc - tanulmányozták a Várhegyet. Az összefonódó munka eredménye egy, a budai Várhegy negyedidőszaki képződményeivel foglalkozó kismonográfia lett. A munka közben új, az eddiginél fiatalabb korú ősmaradványok kerültek elő a Hilton Szálló alapozása közben az édesvízi mészkő mésziszappal kitöltött üregeiből. Az itt talált leletek alapján Jánossy Dénes 1976-ban javasolta, hogy ezt az új rétegtani egységet, amely a mindel-rissz interglaciális első hazai előfordulási helye, nevezzük el castellumi szintnek.Visszatérve a Vár-barlanghoz, annak kialakulásáról vallott nézetekre, megállapíthatjuk, hogy sokféle vélemény hangzott el. Kadič Ottokár úgy gondolta, hogy az édesvízi mészkő lerakódása után a repedéseken beszivárgó vizek kémiai és mechanikai úton tágították ki az üregeket. Mások az egykori Rózsadombról lefutó, s a mésztufa alá jutó vizek eróziós hatását tartották elsődlegesnek. E sorok írója szerint a mésztufában találni kisebb kiterjedésű eredeti, a mészkő lerakódásakor keletkezett üregeket is, de többségük a szakaszosan alulról feltörő víz üregképző hatására alakult ki. Ugyanez a víz a felszínre törésekor gyarapította is a travertinó mennyiségét.A barlang ásványos képződményei között leggyakoribbak az édesvízi mészkövet néhol tömegesen alkotó pizolitok, valamint a leszivárgó vízből rendszerint a betonépítményeken kiváló vékony falú görbe cseppkövek.A budai Vár-barlang továbbra is várja, hogy segítségével még többet tudjunk meg Budapest múltjából.

Az Úttörő-vasút Ságvári-ligeti megállójához közeli, a Hárs-hegy csúcsa alatt nyíló Bátori-barlangot Szabó József, a magyar földtan megalapozója, 1879-ben a következőkben ismertette: "A Hárshegy keleti oldalának azon részében, közel a tetőhöz, a hol a  Megalodus-mész üti ki magát, van egy barlang, melybe kötél segítségével 5-6 méter mélységre lehet leereszkedni, hol azonban látszólag mesterségesen betömve van a folytatás, s úgy tartják, hogy ezen barlang egykor a Pálosok kolostorával, délre a Szép-Juhásznétól (Bugát-féle telken), összeköttetésben állott. E barlangot Tomola Nándor egykori műárus Pesten 1830-ban fedezte fel, s időről időre tovább hatolt bele, sőt rajzát is megkészítette. Vagy 8 év előtt hozzám jött, mutatta a rajzot, és felkért, hogy ne hagynám e barlangot feledésbe menni. A következő nyáron rendeztem is egy barlangi expedítiót, s a kerülő segítségével az eldugott nyílást megtalálván, Wissinger tanár úr bebocsátkozott tűzoltói kötélen, de annak végén lógva sem érte még el a feneket. Darab idő múlva talált támpontot lábának, s ekkor gyertyát gyújtott s látta, hogy a fenék már közel van." Szabó József után majdhogynem száz évig alig kutatták a Bátori-barlangot, mindössze Kadič Ottokár készítette el térképét, s néha-néha vetődött csak el egy-egy turista, biológus vagy geológus. Az 1960-as évektől Szitár Ferenc és Vajna György egyre inkább érdeklődött a barlang iránt, majd a megalakult Fővárosi Tanács barlangkutató csoportja, a mai Budapest Sport Egyesület elődjének a kutatói, a fiatalon elhunyt Szabó László lelkes irányításával több éven keresztül bővítették a meglepetésekben bővelkedő barlangot.
Mit tudunk ma a Bátori-barlangról?
Először is tudjuk, hogy helyesen így kell írni. Egyszerűen, magyarul, minden cifrázás nélkül. Régen Báthorynak írták, de a barlangnak nevet adó személy nem a közismert Báthori család tagja, hanem Bátori László pálos rendi szerzetes. - Tudjuk továbbá, hogy a Bátori-barlang a jellegzetes felső-triász kori dachsteini mészkőben alakult ki, de magasabban fekvő járatai elérik a fedő hárshegyi homokkövet is. Az üregrendszer egyike a legjellegzetesebb budai hévizes barlangoknak. Mindazt, ami e még kellően nem tisztázott barlangtípust jellemzi, itt megtalálni. Nagyméretű tektonikus hasadékok, egymásba kapcsolódó gömbfülkék, borsóköves képződmények, hidrotermális ércesedési nyomok, a mélyebb járatokban pedig sokszor igen vastag cseppkőkéreggel fedve pleisztocén vörösagyag. A neolitikumban, a csiszolt kőkorszak idején az emberek már használhatták a barlangot vagy előterét, mert a többször áthalmozott üledékből néhány égettagyagedény-töredék és kőszerszám került elő. A barlang előtti térségből a rézkorra datálható nagy kiterjedésű telep nyomait lehetett kimutatni. Ezt a csillepálya építésekor fedezték fel, majd több helyen kutatógödröt mélyítve, meghatározták valószínű kiterjedését. A rézkort követő bronz- és vaskori leletek, ha gyérebb számban is, de jelzik, hogy a barlangot és közvetlen környékét ismerték, használták az emberek. Az őskort követően a barlang sorsáról csak a korai középkorból ismerünk valamit. A különféle használati edények tömege a XIII. századtól kezdődően ismert. A legtöbb cseréptöredék a XIV-XV. és XVI. századból való, s ezen időszak az, amikor a barlangi élettevékenység fénykorát élte. Erre az időszakra esik a hagyomány szerint Bátori László tevékenysége is. A barlang közelében lévő kolostort 1290-ben kezdték építeni, és 1310 körül fejezték be. Mátyás uralkodása idején a rendház és a hozzátartozó templom, valamint a gazdasági épületek tovább bővültek, s a kolostor ebben az időben élte fénykorát. A budaszentlőrinci kolostor az ország legnagyobb rendháza volt, amelynek tagja, Bátori László, 20-30 évet remetéskedett a később róla elnevezett barlangban. Ebből a korból származtathatók a barlangi óriáslépcsők és vésésnyomok. Feltehető azonban, hogy e nagy munkákat nem Bátori végezte, hanem már a középkorban ércbányászatot folytattak a barlangban a csekély mennyiségben, de kitűnő minőségben előforduló arany- és ezüsttartalmú vasércért. Okiratok ugyan ezt nem igazolják, de előkerültek ércőrlő malmok töredékei, valamint fémöntő tégelyek. A bányászat kezdetét nehéz pontosan megállapítani, de annyi bizonyos, hogy a bányaszakasz legmélyebb pontján talált mécsestál és ércőrlő malom a XV. századból származik, s a fúrólyukakban talált fekete lepedék szintén a XV. században hazánkban is alkalmazott lőporra utal. A török hódoltság alatt, a pálos kolostor teljes pusztulását követően, a barlangról semmit sem tudunk. A következő legújabb adat, amely a Bátori-barlang történetét feleleveníti, 1760-ban íródott. Mint Vajna György és társai nyomozómunkája eredményeként megtudtuk, a barlang újkori bányatörténetét a XVIII. század derekán egy vállalkozó szellemű, köztiszteletnek örvendő budai polgár indította el. Jäger János Henrik polgári kőfaragó mester és esküdt országos mérnök 1759-ben márványbánya nyitására kért engedélyt a városi tanácstól. Nem tudni pontosan, hogy e bánya hol feküdt, egy 1761. évi írás már arról tudósít, hogy Jäger János Henrik ezüstöt és vasat tartalmazó ércre bukkant a budai oldalon. Nemsokára levelet írt Mária Teréziának, amelyben kifejtette, hogy: "Én egy ősrégi Mária-kép, a konstantinápolyi Madonnának nevezett kép csodálatos útmutatása szerint az úgynevezett János-hegyen nem messze Budától egy arany- és ezüstbányát találtam..." Az 1761. január 24-i keltezésű selmeci bányatörvényszéki ülés jegyzőkönyvi kivonata már megerősítette Jäger János Henrik bányatulajdonosi jogát. Mindezek a dokumentumok viszont nem a Hárs-hegyre, s nem a Bátori-barlangra, hanem a János-hegyre vonatkoznak, de mint egyéb kutatások mutatják, feltehető, hogy Jäger a Hárs-hegyen is bányászott. Ő egyébként kora legkeresettebb és legtehetségesebb budai kőfaragója volt, akinek nevéhez kapcsolódik többek között az óbudai Zichy-kastély építése is. 1784-ben halt meg,  miután - feltehetően a bányászatból és munkájából meggazdagodva - a város vezető testületének is tagja lett. 1765-ben viszont Jägerrel szerződést kötött Konrád d` Aussen nyugalmazott ezredes, Érsekújvár volt katonai parancsnoka. Valószínűleg a társtulajdonosok küldték azt az ércmintát 1766. július 19-én Budáról  Selmecre, amely a Budai-hegység több pontjáról és a Börzsönyből származott. Ezek - Beyilling Ferenc császári és királyi esküdt vizsgálata szerint - csaknem mindegyike tartalmaz csekély mennyiségű ezüstöt a magasabb vaskoncentráció mellett, de aranyat nem. 1766 júliusában Leibwürtz Adam Bonaventura a császári és királyi kamara megbízásából szemlét tartott az érclelőhelyen, amelyek között már a Hárs-hegy neve is szerepel. Az érdekes kutatás fonalai itt Selmecre, az egykori iratok nyomába vezetnek. A valószínűleg félbemaradt bányászatot 1802-ben újították fel.
A barlang közismert története 1830-ban kezdődik, amint azt Szabó József leírásából tudjuk. 1908-ban közölte kutatási eredményeit a Turista Közlönyben Eperjessy István, aki történeti adatok alapján igazolta, hogy Bátori László pálos szerzetes a barlangban húsz éven át remetéskedett. 1911. augusztus 6-án táblát lepleztek le a barlangnál Bátori emlékére, s tervbe vették a barlang feltárását. 1917 és 1919 között a Földtani Intézet megbízásából Kadič Ottokár átvizsgálta a főváros barlangjait, köztük a Bátori-barlangot is. Elkészítette térképét, amelyről kiderült, hogy a barlang főága a bejárattól egészen a bányaszakaszig, valamint a később Piramis-ágnak nevezett részig ismert volt.
A két világháború közötti időszakban az elhanyagolt bejárat többször megsérült, s a belső szakaszok szeméttel töltődtek fel. Újabb tervszerű kutatása 1961-ben indult meg, előbb Szitár Ferenc, majd Vajna György és Szabó László vezetésével. 1962-ben kitisztították a feltöltődött első termet, felszínre szállítottak 150 m3 földet, s ezáltal 70 m-es új barlangszakaszt fedeztek fel. Ekkor még úgy gondolták, hogy a barlang teljes feltárására négy-öt évi munka elegendő lesz. A következő években a  tervszerű "bányászás" eredményeként bejutottak egy vörösagyaggal részben eltömött terembe, a Kupola-terembe, amelynek magassága megközelíti a tíz métert. A munka közben előkerülő számos meglepő régészeti lelet arra indította a kutatókat, hogy egyre többet kutassanak, most már nemcsak a barlangban, hanem a levéltárakban is. 1964-1965-ben a Bejárati-teremből kitermelt üledék szintje annyira mélyre süllyedt, hogy az eredeti bejáraton csak kötéllel lehetett leereszkedni. A munka megkönnyítése érdekében a barlang előtti kis kőbányából rövid vízszintes tárót hajtottak, s most már csillével hozhatták felszínre a barlangi törmeléket. Munkájukat nagymértékben elősegítette, hogy sikerült szerezniük egy hordozható "Honda" aggregátort, s a barlangot villanyvilágítással látták el. A felgyorsult kutatás eredményeként új, az eddigi főjárattal párhuzamos lefutású, de mélyebb hasadék mentén kialakult, cseppköves, borsóköves szakaszt is feltártak. 1973-tól kezdődően, nagyrészt több napos téli táborok alkalmával, sikerült kisebb szakaszokon továbbjutni. A barlang hosszúsága 1977-ben elérte a 300 m-t, mélysége pedig a 60 m-t.