Az első jelentősebb eredményt a 1953 tavaszán a Bolhási réten elnyelődő patakot követve érték el. Május 9-én sikerült kibontani a Bolhási-víznyelőbarlang bejáratát és lejutni a nyelő, négy szépen oldott lépcsőzetes aknáján keresztül a -70 m mélységben húzódó vízszintes patakos Fő-ágba. Ekkor 500 m hosszan vált ismerté a bejárati zóna nyelőrendszere. Az elfolyás irányában (É-i ág) agyagos szifon zárta el az utat, amiben 8 m-t leásva sem találták meg a folytatást. A szifon a kerülőjáratában 20 m-t tudtak hason csúszva előre haladni és ennek a kibontását is szintén megkezdték. A D-i "száraz" ágban a törmelékkel erősen feltöltött nagyméretű Mamut-temető terméig jutottak el, benne számos továbbjutással kecsegtető kürtőt észlelve.
Még ez év nyarán a közeli Jávorkúti-víznyelő omladéktömbök között lemélyített 5 m-es kutatóaknájával jutottak le (június 20-án) egy 20 m mélyen lévő csak kötélhágcsóval járható akna tejéig (Nagy-hasadék). Novemberben a 16 m mély, eddig még be nem járt III. akna után - drótkötélhágcsóval küzdve le - számos kisebb időszakos szifon (Rókafogó), - aminek vizét bányász sisak segítségével kimeregették - és hosszabb-rövidebb szűkület (Fejenállós, Homorítós) akadályozta a további utat. A nagy magasságokba felnyúló ősi nyelőt a Hold-teremet elérve már könnyebben járható szakaszok következtek, amit innentől kezdve számtalan cseppkőképződmény díszített. Hamarosan zúgásra, morajlásra lettek figyelmesek. Először azt hitték, hogy a felszínen elszakadt a gát, de néhány kanyarulat után meglelték az okát. A járat egy jóval nagyobb méretű folyosóba torkollott, aminek az aljában nagy hozamú kristálytiszta patak folyt. Ez "úgy zúgott, bömbölt, mintha legalábbis haragudna ránk, hogy háborgatni merészeljük fenséges földalatti folyásában" - írta a feltárók egyike (Kuchta Gyula). Ezzel egy csapásra sikerült bejárni az egész barlangot.
Mindkét víznyelőbarlang feltárása nagy sikernek számított mind a bükki és a hazai barlangkutatásban. Az 1954 őszén végzett víznyomjelzéses kísérletek igazolták, hogy a Jávokúti- és a Bolhási-víznyelők vizei a mélyben egyesülve a Garadna-forrásban látnak napvilágot és ezzel tovább növekedett a reális esélye a bükkben egy összefüggő nagy földalatti járathálózat megismerésére.
A kutatásban beállt hosszú szünet után 1967-ben a Bányász Barlangkutató Csoport az időközben beomlott Jávorkúti-víznyelő bejáratát és az eliszapolódott szűkületeket kibontotta, valamint patak duzzasztó gátját is újra építették. A Patakos-ág ÉK-i (elmenő) szifonját ekkor sikerült kibontani. Ezzel újabb 80 m-es szakaszt ismerhettek meg, ahol a végpontot egy csak a víz számára járható méretű, szűk hasadék jelentette. Az állandó víz alatt lévő négy szifon megismerését az tette lehetővé, hogy a patakot elvezették a szifonsor előtti "Túlfolyóba".
1974-től a Herman Ottó csoport kezdte meg a barlangrendszer kutatását és ezt egy nagy szabású nyári táborral - "Aqua-expedíció" néven, július 12-29 között - alapozta meg. A tábor komplex feladatot valósított meg, amiben a feltáró kutatás mellett szerepelt a terület karszthidrológiai megismerése és barlang térképezés is. Ekkor a Jávorkúti-víznyelőbarlangban a befolyó DNy-i szifonból termeltek ki és tettek szabaddá 4 m-t, mindezt palack nélkül, gumi védőruhában. A jó látási viszonyok között még további 8-10 m-t lehetett előre látni. Eközben a Bolhási D-i ágában egy 40 m magas kürtő kimászása után újabb szakaszokba jutottak, amit Lengyel-Magyar barátság-ágnak neveztek el, benne a Gyöngy-teremmel, ahol 3-4 kis tenyérnyi tóban, bükki viszonylatban ritka 30-40 db barlangi gyöngyöt is találtak.
A Bolhási Fő-ágának 30 m hosszú szifonkerülőjét fóliazsákos depózással 1977-es a nyári táboruk alatt bontották ki. A szifonsor mögött ismerték meg 40 m hosszú Lantos-ág oldaljáratát. A patakmederben tovább haladva néhány méter után ismét hordalékos eltömődés állta útjukat. Ezt novemberi táborukban 10 m hosszan kellett kibontani, ami után erős huzatot éreztek - újult erővel folytatták a munkát. Erőfeszítésüket nagy siker koronázat. 510 m-t tudtak előre haladni a később Mészáros-ág névre keresztelt inaktív, patakos fő járatban, ahol ismét hordalékos eltömődés állta útjukat. Ezt is átbontva a következő évben már 1000 m lett az újonnan megismert járatok hossza. Két vizes szifon mögött is légteres járatokat találtak, de ezekből csak rövidebb szakaszokat sikerült ekkor bejárni.
A Bolhási bejáratának lezárása 1979-re fejeződött be. A nyári tábor alatt az előző évben átúszott szifon leszivattyúzásával "szárazon" is bejárható lett a Jávorkúti-barlang irányába húzódó hordalékkal kitöltött kanyargós, helyenként kavicsszifonokkal tarkított 300 m hosszúra becsült oldaljárat (Jávor-ág), aminek végpontját is egy kavicsos szifon képezte.
1980-ban folytatták a már elkezdett barlangi és felszíni térkép készítését, azonban kutatásokat az időközben eltömődött szifonok átbontásai és a bejárat teljes szelvényű befagyása hátráltatta. A bejárati nyelőzónában új cseppkövekben gazdag 100 m-es összekötő járat vált ismerté a Medveitató és az Athén-romjai között. Ebben az évben járták be a Mészáros-ág legnagyobb, a felszínt 30 m-re megközelítő 150 m hosszú járatát: a Kürtős-ágat.
Az 1981-es évben további 500 m járatot ismertek meg elérve a ma is végpontot jelentő szifont, aminek az átúszásával is megpróbálkoztak, de a megismert járat "tovább folytatódik, a további előre haladást a tökéletes felszerelés hiányában későbbi időpontra tették".
A Jávorkúti-barlangban 17 évig nem történt feltárás. 1984 -ben a soha nem tapasztalt január-februári szárazság hatására a leapadt ÉK-i (elmenő) szifonokon keresztül ismét megnyílt a '67-ben megismert nagyrészt vízzel kitöltött járat, amit a Kárpáth József által vezetett térképész csapat vegyes érzelmekkel konstatált. Ebben pár héttel később az MLBE tagjainak a végpont előtti jobb oldalon némi járat tágítás után sikerült egy újabb 130 m-es folyosószakaszba jutniuk. A két szomszédos barlang járataival ekkorra már 130 m-re közelítette meg egymást.
1986-ra elkészült a Jávorkúti-víznyelőbarlang térképének atlaszformátumú kiadása, amiben az addig megismert komplex kutatástörténeti és morfológiai feldolgozás szerepel. Ezután nyolcvanas években már szinte semmi kézzel fogható eredmény nem született a két barlangban, bár számos kísérletet tettek a Bolhási végponti szifonjának megkerülésére.
1991 január 26-án a MÁFI tagjai vízfestést végeztek a távoli Bánkút térségében lévő Diabáz-barlangban. 19 nap múltán a víz a Garadna-forrásban jelent meg (3,9 km / 448 óra = 8,7 m/h). Ezzel beigazolódott, hogy a Bánkút - Jávorkút - Bolhás alatt húzódó kb. 4,5 km-es mészkősáv alatt jelentős, valószínűleg összefüggő barlangrendszer húzódik, aminek a várható hossza min. 15 km.
1992-ben a BEAC Barlangkutató Csoport megkezdte a Bolhási-víznyelőbarlang részletes térképének elkészítését. Ezt folyamatosan több-kevesebb szünettel végezték, amit a barlang szifonjainak időszakos vízzel való telítettsége nagyban hátráltatott. 1997-ig mintegy 3000 m-t mértek fel. A felmérés mellett számos be nem látható magaslatot, kürtőt vizsgáltak át, amelyek közül a jelentősebb a Lengyel-Magyar barátság-ágban egy 28 m magas kürtő kimászása volt, ami kb. 5 m-re közelíti meg a felszínt, valamint a Fő-ág belső részei felett húzódó cseppkövekben gazdag emeleti járat, a Szép-ág folytatásának feltárása (1997-ben) kb. 80 m hosszban.
Átütő sikert azonban a "Hermanos" kutatók 1997-es téli tábora hozta meg. Újra leszivattyúzták a Jávorkúti-barlang irányában húzódó 300 m hosszú oldaljárat szifonját. A '79-ben megismert végpont kavicsos szifonját átásták és további hasonlóan keskeny kavicsos szifonokkal tagolt járatba jutottak. Még ugyanaznap a BEAC-nak sikerült az oldaljáratot és a még szinte érintetlen új járatot is felmérnie. A térkép kiszerkesztésekor kiderült, hogy a végpont mögött közvetlenül a Jávorkúti-víznyelőbarlang 1984-ben megismert ÉK-i (elmenő) szifonokon túli járata található. Ezzel a biztos tudattal 1997 december 28-án a járat végpontját alkotó sóderszifon kibontásával megszületett a két barlang ember által is járható összeköttetése.
A Jávorkúti-víznyelőbarlangba befolyó víz útjának felderítése volt a következő feladat, azonban DNy-i (bejövő) szifon leszivattyúzására 1998 elején szervezett téli és később nyári tábor sem volt elegendő a szifonjárat teljes víztelenítésére. Az elért legnagyobb -6 m-es mélységet folyamatos járattágítások kísérték, amit nehezített az egyre mélyebbről történő kitöltés deponálása.
A fiatalokból álló Szabó József Barlangkutató Szakosztály lelkes tagjai '98 nov-dec. között a Hold-teremből (-64 m) kiindulva a hívogatóan égbenyúló kürtő kimászásával kb. 200 m új a felszínt -17 m-re megközelítő, többnyire függőleges (lépcsőzetes) inaktív, elagyagosodott ősi nyelő járatot tártak fel.
A barlangrendszer további feltárására a Garadna-forrás irányába és a Bánkút felé vezető (elfolyó és befolyó) végponti szifonoknál, valamint a felszínen köztük húzódó víznyelőkön keresztül nyílhat mód. Emellett a kisebb oldalágak, emeleti járatok és kürtő folytatásának felderítése is hozhat sok száz méter új szakaszt.
Morfológiailag három nagy részre osztható.
1. A bejárat közeli nyelőrendszer, amelynek több inaktív
ága is megközelíti a bejárat szintjét, de ezeknek a felszínen már a hajdani
víznyelő tölcsérük se látszik. Itt a járatokat lépcsőzetesség jellemzi.
Számos akna, kürtő, járat és oldaljárat hálózata kapcsolódik össze a barlang
legnagyobb méretű termeivel (Nagy-hasadék, Hold-terem, Athén Romjai, Mamut-temető,
Lengyel Magyar Barátság-ág). Omladékos zónák és cseppkövekben gazdag szakaszok
egyaránt előfordulnak. A nyelőtől Jávorkútiban három (4,6,16 m), a Bolhásiban
négy aktív vízmosta akna (6,11,13,11 m) vezet le az enyhén lejtős vízvezető
járatba. Ez a nyelőzóna a Jávorkútiban (a Hold-teremig) 500 m, a Bolhásiban
(a Fő-ágig) 650 méternyi kiterjedt járathálózatot jelent.
2. Horizontális járatok, amit magas, de keskeny, tektonikus vonalak mentén kialakult átlagosan 1-2 m széles eróziósan és korróziósan átdolgozott folyosók, és azok derékszögben törő kanyarulatai jellemeznek. Ezek további részekre tagolhatóak. A bejárat közeli nyelőrendszer vizeit levezető a saját fő-ága, ami a Jávorkútinál a Hold-teremtől a patakos Fő-ágig 230 m hosszú. A Bolhási esetében a Mamut-temető aljától az I-es szifonig 140 m hosszan tart, azonban az itt elnyelődő víz a bontott szifonkerülők mögötti járatokban nem bukkan újra elő. Ez az 700 m hosszú kanyargós, helyenként nyelőkkel tagolt járat az inaktív fő-ág (Mészáros-ág), ami valószínűleg párhuzamosan, de a búvópatak felett húzódik.
A Mészáros-ág legnagyobb oldalága: a 150 m-es Kürtős-ág, ami egy jellemzően vertikális önálló ősi nyelőrendszer. 45 m magasra lehet benne felmászni, ahol már 30 m-re közelíti meg a felette lévő töbör alját. Hasonló, de kisebb nyelők az egész horizontális rendszert és oldaljáratait végigkísérik.
A inaktív fő-ág (Mészáros-ág) a Jávor-ág becsatlakozásánál egy 5 m-es letöréssel éri el a 850 m hosszan megismert régi fő-ágat, ami mára már szárazra került és csak kivételes áradásokkor szállít vizet. Ide folyt be a Jávorkúti fő-ágának vize, de ez napjainkra a mélybefejeződött. Ez a víz a keskeny, többnyire kúszva járható, kavicsos kitöltésű szifonjáratokkal tagolt 500 m hosszú Jávor-ágon keresztül érkezett, ami ma az összeköttetést jelenti a két víznyelőbarlang között. Továbbhaladva a régi fő-ágban, a kezdetétől 250 m hosszan egy emeleti szint is kialakult, ahová több ponton is fel lehet mászni. Ezt a közel 10-12 m-el magasabban húzódó párhuzamos járatot változatos cseppkőképződményei miatt Szép-ágnak keresztelték el. A régi fő-ág belsőbb részein ez a felső szint még szakaszosan megtalálható, de a dolomitos zónában megszűnik, ahonnan a járatok mérete jelentősen leszűkül és az utolsó 200-250 m-t már keskeny hasadékok szűk kapcsolódásai jellemzik. Végpontját egy vízzel félig kitöltött lapos kuszoda jelenti (félszifon). Ezen '81-ben keresztüljutva, kutatói megállapítottá, hogy a járat tovább folytatódik, de hosszabb bejárásra nem vállalkoztak.
3. Az aktív patakos Fő-ág, ami csak a Jávorkútiban található
meg. 100 m hosszan ismert 1-3 m széles, 5-12 m magas. Közepes vízhozama:
100-300 l/p. Forrását a -6-8 m mélységig megismert DNy-i szifon zárja le,
amit a Bánkútig húzódó mészkősáv nyelőibe bejutó vizek táplálnak és azok
közös fő-ágát jelenti. A víz elfolyását is egy szifonsor képezi.
Az itt elfolyó patak a Bolhásiban nem jelenik meg, csak a Garadnában. Aminek
az oka, hogy a Bolhási Fő-ága ennek csak egy inaktív emeleti járatát alkotja.