Az Aggteleki Nemzeti Park barlangjainak legáltalánosabb veszélyeztető tényezője a barlangjárás. Az egyre nagyobb tömegeket vonzó barlangi turizmus és sport barlangkutatás óhatatlan következménye a szálkőzet és a képződmények szennyeződése, a képződmények megcsonkítása, elpusztítása, s a felszerelés valamint a hulladék hátrahagyásával a járatok elszennyeződése. Jelentős veszélyforrás a barlangfeltáró tevékenység is, különösen a szakszerűtlenül végzett munka, mely az üledék megbontását, képződmények sérülését eredményezi.

Ritkább tevékenység, mégis a beavatkozás helyén jelentősebb állapotváltozást idéz elő a különböző célú kiépítés , a védelmi célú műszaki munkálatok, valamint a feltárás során alkalmazott műszaki megoldások.

Az erdő és mezőgazdaság főként a bejáratok környékén, illetve a bejáraton keresztül veszélyezteti a barlangokat. A víznyelők környékén alkalmazott helytelen tevékenység eredményeként a járatok eliszapolódnak, a bejárat eltömődik. A múltban jelentős mennyiségben használt műtrágya a barlang vizeire, élővilágára képződményeire egyaránt veszélyt jelent. Ennek mértéke a vegyszerek használatának visszaszorulásával csökkent. Ugyancsak főként a víznyelő barlangokra jelentenek potenciális veszélyt a települések szennyvize, hulladéka is.

A barlangok létét a térségben egyedül a bányászat veszélyezteti, illetve veszélyeztette a közelmúltig. A nemzeti park területén bányaművelés ugyan nem folyik, de az Esztramoson üzemelő kőbányában a hatvanas évek óta számos kisebb-nagyobb üreg nyílt meg a robbantások hatására, melyek közül több a bányászat áldozatául esett.